フォニックスというのは、綴りと発音の関係を 説明するものです。ルールをおぼえれば、単語の つづりを 書いてあるとおりに よめます。
しかし、ルールどおりに読むと まちがい に なるような 例外も あります。たとえば、sew は /soʊ/「ソウ」と 読みます。しかし、o の文字は どこにも ありません。（そもそも "ew" は /juː/「ユー」あるいは /uː/「ウー」と 読むことに なっているはずです。）
ルールそのものが 明確でないものも あります。あてにならないと 言ってもいい。たとえば、ow は /aʊ/「アウ」なのか /oʊ/「オウ」なのか、はっきりしません。how や now では /aʊ/「アウ」ですが、blow や know では /oʊ/「オウ」です。（ただし、二音節の単語の末尾でメインストレスのない場合は /oʊ/「オウ」が ほとんど です。arrow, pillow, shadow, tomorrow, window.）
そのようなわけで、フォニックスは、あくまで 読みかたの見当をつけるための めやす に すぎず、最終的には 発音記号に たよるほかはないということになるのが 現実です。
もしも フォニックスのルールに 例外が なければ、そのようなことには ならないはずです。（もっとも、ルールの適用範囲外の単語も いろいろ ありそうですが。）