法人が不動産登記の申請人（権利者、義務者）になる場合、会社法人等番号を提供すれば当該法人の登記事項証明書は添付しなくてもよいという取扱は、数年前から運用されているところです（印鑑証明書も同様）。
ところが不動産登記を申請中に、当該法人が法人の登記記録について何か登記申請をしている場合には、法務局側で法人の登記内容を確認出来なくなるので、法人登記が完了するまで、不動産登記手続きが進まない事態が発生するわけです。そのような場合には、会社法人等番号を提供せず、３カ月以内の当該法人の登記事項証明書を添付すれば、法人登記完了を待たずスムースに手続きが進みます。
事前に知らせてくれればいいのですが、そうでない場合の方が多いでしょう。決済が絡まないケースはまだいいですが、絡むケースではその辺りもこちらからしっかり確認する必要があります。特に代表者の変更となれば、取下げの対象になってしまいまので、注意が必要です。その場合には、新代表者の名前で登記の委任状を貰うべきでしょう。