まばらな化石の記録
一部の科学者を悩ませてきた三つ目のなぞは，化石の記録に関するものです。
進化が計り知れない期間にわたって生じてきたものであるなら，生物の主要な種類の間の中間型，つまり環に当たるものが非常に多く見つかるはずです。
しかし，ダーウィンの時代以来掘り出されてきた無数の化石は，この点で期待にそいません。“失われた環＜ミッシング･リンク＞”は，まさに失われたままなのです。
そのため，進化論の証拠はあまりに貧弱でつじつまが合わず，生命が進化したとは証明しきれない，と結論した科学者が幾人もいます。
航空宇宙学の技術者ルーサー･D･サザランドは，自著「ダーウィンの不可解」（英語）にこう書きました。
「科学的な証拠が示すところによると，単細胞の原生動物から人間に至るまで，根本的に異なる種類の生物体が最初に地上に現われた時はいつも，そのすべては完成した形で，
器官や組織も全部そろって完全に機能していた。この事実から必然的に引き出される結論は，地上に生命が現われる前から，何らかの理知がすでに存在していたということである」。
一方，化石の記録は，聖書の創世記で述べられている生物出現の大まかな順序と合致しています。
オレゴン州立大学で博士号を取得した物理化学者ドナルド･E･チティックは，こう述べています。
「化石の記録をすなおに見ると，動物は創世記が示しているとおりその種類にしたがって繁殖してきたという結論に至る。ある種類から別の種類へと変化したりはしなかった。
今ある証拠は，ダーウィンの時代と同様，創世記にある直接的な創造の記述と一致している。動物も植物もその種類にしたがって繁殖し続けている。実際，古生物学（化石の研究）
とダーウィン説との食い違いはあまりに大きいため，中間型は決して見つからないと確信し始めている科学者もいる」。
証拠と向き合う
上述のことは氷山の一角にすぎません。創造者がいる証拠を否定する人々を悩ませる，答えの出ていない疑問は数多くあります。
神の存在を認めない見方は，確かな証拠や綿密な論理に基づくものではなく，希望的観測や想定に基づくものであることに気づいている科学者もいます。
そのため，生涯にわたって実りある科学的調査や研究を行なった天文学者アラン･サンデージは，こう述べています。
「私は自分自身の科学的探究によって，この世界は科学で説明できる範囲をはるかに超えた複雑なものであるという結論に至った。超自然の概念なくしては，存在のなぞを理解することはできない」。
