３６協定では，延長することができる労働時間数を定める必要があり（労基法施行規則１６条１項），「労働基準法第３６条１項の協定で定める労働時間の延長の限度等に関する基準」（平成１０年１２月２８日労働省告示第１５４号）では，３６協定において定める労働時間数の上限である「限度時間」が規程されています。
ただし，通達（平成１１年１月２９日基発第４５号）において「労働時間管理等について別途行政指導を行っている分野については、現行の指導基準の水準に到達させることが先決であること、事業又は業務の性格から限度時間の適用になじまないものがあること等の理由によるものである」との説明がなされたことから，次に掲げる事業または業務に係る３６協定については，限度時間が適用されません（限度基準５条）。
１．工作物の建設等の事業
２．自動車の運転の業務
３．新技術、新商品等の研究開発の業務
４．季節的要因等により事業活動若しくは業務量の変動が著しい事業若しくは業務又は公益上の必要により集中的な作業が必要とされる業務として厚生労働省労働基準局長が指定するもの
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