1938年ペルーの首都リマのミラフロレス区生まれ。
両親は日本の熊本県飽託郡河内村（現・熊本市河内町）出身であり、ペルーに1934年に移住した移民である。
彼が誕生すると両親はリマの日本大使館に出生届を提出して日本国籍留保の意志を表したため、フジモリは日本国籍を保有することになった。
2007年6月19日、日本の国民新党が参議院選挙に同党の比例代表公認候補として出馬するよう要請し、6月27日、立候補を表明した。
7月5日には国民新党の亀井静香代表代行が麻生太郎外務大臣に対し、選挙運動が可能になるようにフジモリを釈放するようぺルー政府に働きかけるよう要請したが、麻生に「（釈放、帰国要請は）独立国家として無理がある」として断られている。この結果、フジモリの選挙運動は候補者不在の中行なわれ、政見放送にも参加できなかった選挙では国民新党は当選枠1人となりフジモリは国民新党4位で落選した2007年9月21日、チリ最高裁はペルー政府より2006年から為されていた身柄引き渡し要請について認める旨決定。嫌疑は軍による民間人殺害への関与など2件の人権侵害と汚職5件の計7件。送還後は刑事被告人として裁かれる[11]。23日、チリを離れリマへ到着しそのまま国家警察の施設へ収容された。
10月5日、ペルー最高裁は7件の容疑について3つに統合した上で11月26日から審理を開始する事を決めた。
12月10日の初公判でペルー検察は禁固30年を求刑し、フジモリ被告は無罪を主張した。さらに大統領時代の功績も熱弁を振るったため、裁判長から注意を受けた。2008年4月15日、ペルー最高裁は令状なしでモンテシノス元国家情報部顧問関係先への家宅捜索を命じた容疑で禁固6年と2年間の公民権剥奪と罰金40万ソル（約1500万円）の罰金を命じた有罪判決が確定した。
