フォトショップとイラストレーター

フォトショップ、イラストレーター・・・
どっちも有名なグラフィックソフト、アドビ製品です。
 
 
イラストレーターでこまったことがあり、そのおかげでデスクトップ、ハードディスクがえらいことに。
 
 
それは
 
なぜかファイルが消えない
 
 
開いてないのに、ネットワークで共有もしてないのに、
保護もどっからも参照もしていないのに
 
ゴミ箱送りにしようとすると
「ファイルが使用中のため削除できません」
 
みたいなメッセージがでて消える気配がない。
そんなのがもう20個くらいあります。
 
 
フォトショップでは一度もそんなことが起きず、絶対にイラストレーターのデータ（aiまたはeps）で発生します。
 
 
たまーに連日めげずに削除を続けると、消える日もありますが・・・。
消えたとしても、そういうのがたくさんあるとそのうち1つだけ消せて、他消えないとか。
 
 
フォトショでもそういうのが起きる可能性ってあるのでしょうか。
おなじアドビ製品で、フォトショとイラレでなにかファイルの保存で違いがあるのでしょうか。
また何か保存時に変な設定を知らぬ間にしてしまったのでしょうか？
 
消せないイラレデータは●●MBと大きいものから、●●●KBと小さいものまであります。
 
 
だれか消しかた、消すコツをご存知だったら教えてください・・・
フォーマットするまで居残るなんて嫌すぎる。