労基法で定める基準に達しない労働条件を定める労働契約は，労基法で定める基準に達しない労働条件を定める部分についてのみ無効となり，無効となった部分は労基法で定める労働基準となります（労基法１３条）。
時間外・休日・深夜に労働させた場合の残業代 （割増賃金）の支払は労基法３７条で義務付けられていますので，時間外・休日・深夜に労働させた場合であっても労基法３７条に定める残業代（時間外・休日・深夜割増賃金）を支払わない旨の合意は無効となります。
残業代 （割増賃金）込みだった月給の内訳を明確にするため，既存の社員に関し，通常の労働時間・労働日の賃金と残業代（割増賃金）に当たる部分とを判別できるようにするために賃金の内訳を変更する場合は，労働条件の不利益変更と判断される可能性が高いと思われます。基本的には使用者が一方的に社員の賃金の内訳を社員に不利益に変更することはできませんので，社員から賃金内訳変更に関する同意書，賃金規定変更に関する同意書を取る作業を行う必要があります。
「賃金内訳の変更について，全社員に説明したところ，誰からも異議が出ず，不平不満も言わずにそのまま働き続けている。」というだけで，賃金内訳変更に社員の同意があったと思い込むようなことがないようにして下さい。
残業代 （割増賃金）を支払えなくなる一番大きな原因は，本来，残業代（割増賃金）の支払に充てるべき金額を基本給，諸手当，賞与等に充ててしまっていることにあります。つまり，賃金の内訳を間違えているわけです。
残業代（割増賃金）の支払は労基法で義務付けられているわけですから，残業代（割増賃金）は必ず支払わなければならないことを前提として，基本給，諸手当，賞与等の金額を逆算して決定して下さい。その結果，賃金額が最低賃金を下回るようだとビジネスモデル自体が破綻していることになってしまいますが，そうでなければ工夫の余地があることになります。
自己申告された労働時間が実際の労働時間と合致しているのであれば，自己申告された労働時間をチェックすることで不必要な残業時間の抑制につなげることができますし，自己申告された労働時間に基づいて残業代（割増賃金）を支払えば，想定外の残業代（割増賃金）請求対策になります。
しかし，自己申告された労働時間が実際の労働時間に満たない場合は，自己申告された労働時間をチェックしても不必要な残業時間の抑制につなげることができませんし，自己申告された労働時間に基づいて残業代 （割増賃金）を支払っても想定外の残業代（割増賃金）請求がなされる可能性があります。
自己申告制を採用する場合は，パソコンのオンオフのログで在社時間をチェックし，自己申告の労働時間と在社時間の齟齬が大きい場合には当該社員から事情説明を求める等の工夫をして，自己申告された労働時間が実際の労働時間と合致するようにする必要があります。
タイムカードにより労働時間又は勤怠を管理している場合，タイムカードに打刻された出社時刻と退社時刻との間の時間から休憩時間を差し引いた時間が，その日の実労働時間と認定されることが多いところです。
タイムカードの打刻時間が実際の労働時間の始期や終期と食い違っている場合は，それを敢えて容認してタイムカードに基づいて残業代 を支払うか，働き始める直前，働き終わった直後にタイムカードを打刻させるようにするかを選択する必要があります。
残業の事前許可制は，残業する場合には上司に申告してその決裁を受けなければならない旨就業規則等に定めるだけでなく，実際に残業の事前許可なく残業することを許さない運用がなされているのであれば，不必要な残業の抑制や想定外の残業代 （割増賃金）請求対策になります。
しかし，就業規則に残業の事前許可制を定めて周知させたとしても，実際には事前許可なく残業しているのを上司が知りつつ放置しているような職場の場合は，不必要な残業時間の抑制になりませんし，黙示の残業命令により残業させたと認定され，残業代（割増賃金）の支払を余儀なくされることになります。
残業の事前許可なく残業している社員を見つけたら，直ちに残業を止めさせて帰らせるか，許可申請するよう促すようにして下さい。就業規則を整備しても，実態が伴わなければ，不必要な残業時間の抑制にも想定外の残業代（割増賃金）請求対策にもなりません。
明示の残業命令を出していなくても，部下が残業していることを上司が知りながら放置していた場合は，残業していることが想定することができる時間帯については，黙示の残業命令があったと認定されるのが通常です。
具体的に何時まで残業していたのかは分からなくても，残業していること自体は上司が認識しつつ放置していることが多い印象です。部下が残業していることに気付いたら，上司は，残業を止めさせて帰宅させるか，残業代 の支払を覚悟の上で仕事を続けさせるか，どちらかを選択する必要があります。
本人の能力が低いことや所定労働時間内に真面目に仕事をしていなかったことが残業の原因の場合であっても，現実に残業している場合は，残業時間として残業代 （割増賃金）の支払義務が生じます。
本人の能力が低いことや，所定労働時間内に真面目に仕事をしていなかったことは，注意，指導，教育して改善させるとともに，人事考課で考慮すべき問題であって，残業時間に対し残業代（割増賃金）を支払わなくてもよくなるわけではありません。
仕事の合間に，食事したり，喫煙したり，おしゃべりしたり，居眠りしたり，仕事とは関係のない本を読んだりしていた場合であっても，まとまった時間，仕事から離脱したような場合でない限り，所定の休憩時間を超えて労働時間から差し引いてもらえないのが通常です。
居眠り等が目に余る場合は，その都度，上司が注意指導して仕事をさせるのが本筋です。上司が部下の注意指導を怠っていたのでは，無駄な残業はなくなりません。
不必要な残業を止めて帰宅するよう口頭で注意しても社員が帰宅しない場合は，社内の仕事をするスペースから現実に外に出すようにして下さい。終業時刻後も社員が社内の仕事をするスペースに残っている場合，事実上，使用者の指揮命令下に置かれているものと推定され，有効な反証ができない限り，残業していると評価される可能性が高いところです。近時の裁判例の中にも，「一般論としては，労働者が事業場にいる時間は，特段の事情がない限り，労働に従事していたと推認すべきである。」とするものがあります（ヒロセ電機事件東京地裁平成２５年５月２２日判決）。
最低限，タイムカードを打刻させるとか，現実に働いていた時間を自己申告させるとかする必要がありますが，普段仕事をしている部屋にいつまでも残っているのを放置していると，タイムカード打刻後も残業させられていたとか，実際の残業時間よりも短い残業時間の自己申告を強制された等と主張されて，残業代 （割増賃金）請求を受けるリスクが生じます。
部下に残業させて残業代 を支払うのか，残業させずに帰すのかを決めるのは上司の責任であり，上司の管理能力が問われる問題です。その日のうちに終わらせる必要がないような仕事については，翌日以降の所定労働時間内にさせるといった対応が必要となります。
部下に残業させて残業代 を支払うのか，残業させずに帰すのかを決めるのは上司の責任であり，上司の管理能力が問われる問題です。その日のうちに終わらせる必要がないような仕事については，翌日以降の所定労働時間内にさせるといった対応が必要となります。
単に基礎賃金を抑制しただけでは，能力や貢献度に見合った賃金が支給できなくなってしまい，適正な賃金制度とはいえません。適正水準の賃金を支給し，優秀な人材を確保することができるようにするためには，基礎賃金を抑制する一方で，能力や貢献度に応じた賃金を支給できるようにする必要があります。
基礎賃金を抑制しつつ能力が貢献度に応じた賃金を支給できるようにする方法としては，以下のようなものが考えられます。
① 月例賃額を抑制し，賞与の比率を高める。
② 月例賃金に占める除外賃金の割合を高める。
③ 定額（固定）残業代制度を採用する。
未払残業代（割増賃金）額＝残業代 （割増賃金）単価×残業時間－支払済み残業代（割増賃金）ですので，未払残業代（割増賃金）請求対策としては，以下のものが考えられます。
① 基礎賃金を抑制して残業代（割増賃金）単価を抑制する。
② 残業時間を抑制する。
③ 残業代（割増賃金）を支払済みにしておく。
残業代 （割増賃金）請求対策の基本的発想としては，以下のものが重要と考えています。
① 時間外・休日・深夜に労働させた場合に残業代（時間外・休日・深夜割増賃金）を支払うことは，全ての労働者に共通する基本原則であること
② 発生した残業代（割増賃金）は，「支払済み」にしなければ，残業代（割増賃金）請求を受けるリスクはなくならないこと
③ 変形労働時間制のような労働時間に関する規制を緩和する制度や管理監督者のような労働時間規制等を適用除外する制度は，使用者の残業代（割増賃金）の支払義務を免除することを主な目的として立法された制度ではないため，残業代（割増賃金）請求対策を主な目的として採用すべきではないこと
