以前ご紹介したPhotomergeではできず、以下の方法を試してみてください
スタックしたい画像群をレイヤーに積み重ねてから、編集→自動整列→スタックしたい画像(レイヤー）を全部アクティブにしてレイヤー→スマートオブジェクト→スマートオブジェクトに変換する→そしてレイヤー1枚生成しますから(1枚になる）に例えばＳＫＹというような名前を付ける。またレイヤーからスマートオブジェクト→スタックモード→メジアンで試していただけますでしょうか？youtubeの英語版で勉強しているため、用語がちょっと違うかもしれません。
追記
上述の自動整列の後、自動整列で同じ構図になった画像を加算平均するにはPhotomergeではなく、PhotoshopCCなら【スクリプト】→【統計】→【平均値】で多数枚を一発でできますね。
とのアドバイスを受けました。この方法でもできそうですね。