子宮内膜症の再発をどのように考えるかによって、治療方針も変わってくる。
チョコレート嚢胞が再発しやすいと考えるのであれば、
チョコレート嚢胞核出後は、薬物療法（低用量ピルやディナゲストなど）で妊娠を考えるまでは排卵を押さえておくだろう。不妊症であれば、卵巣をできるだけ傷つけないように手術して、できるだけ早く妊娠するよう勧めるだろうし、ARTへの移行も早い方がよい。挙児希望がない場合や40代以降であれば（ガン化の問題もあり）、根治性を考えて片側卵巣の摘出を考慮するかもしれない。
チョコレート嚢胞の再発について深く考えていないのならば、
チョコレート嚢胞核出後、とくに薬物療法をすることもないだろう。不妊症であっても、とりあえず嚢胞壁をはがしておき、手術したことに満足しているかもしれない。挙児希望がない場合や40代以降であってもチョコレート嚢胞を核出して術後薬物療法を行うこともない。
チョコレート嚢胞が再発しやすいのは事実だと思う。より卵巣予備能を考えた手術をすればするほど、排卵しやすくなり再発しやすくなるのだと思う。
子宮内膜症は漫然と手術してはいけない。少なくとも出産まで（可能なら閉経まで）の治療プランを考えておかなければならない。
