CPT原子時計のシステムでは、λ13とλ23の間の波長λ0(λ0=|λ1323|/2)を有するレーザーを準備する。

このとき、λmodに相当する周波数でレーザーを変調したとすると、λ0±λmodなるサイドピークが生成される。

 

この新たに生成されるサイドピークを原子と相互作用させると、変調周波数がλmod0=|λ13−λ23|/2に相当するとき、CPT現象が発現し、透過光強度が最大となる。

今、λ13とλ23の遷移を時計遷移と考えると、透過光強度が最大となるように変調周波数を制御することで、原子時計動作が得られ、変調周波数は時計遷移周波数の半分の周波数で安定化されることとなる。