食べ残しの持ち帰りで税率が変わる？

昼食で「そばと親子丼」のセットメニューを注文して
そばは完食したのですが親子丼は食べ切れそうにないと思って
時々他店でしていただいている要領で「食べきれないので持ち帰ります」
と店員に申し出て、容器を持ってくるのかと思っていたら
持ち帰ると税率が変わるのでダメですと言われてしまった。
その時すでに半分は食べきっているのですが、その残り（残飯）
でも持ち帰ると税率が変わる？
おかしな話だなぁと思うが・・店側はセットメニューの一品を
（手付かずの親子丼）をそのまま廃棄することになるが、
それでもいいということなのか？
税率よりも食品ロスの方が大きい様な気がするが・・残念です。