Fisher's exact test(Python)

以前にどこかにも書いたけど，

$ pip install FisherExact
で
>>> from FisherExact import fisher_exact
>>> fisher_exact([[1,3],[4,2]])
はできるんだけど。2 x 2 より大きい分割表を指定すると segmentation fault で落ちる

以下のようにすれば，R を呼んで，結果は出る

$ pip install rpy2

>>> import numpy as np
>>> import rpy2.robjects.numpy2ri
>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

>>> stats = importr('stats')
>>> m = np.array([[4,4],[4,5],[10,6]]) # 対象とする分割表の定義
>>> res = stats.fisher_test(m)         # fisher.test 起動
>>> print('p-value: {}'.format(res[0][0]))


やっぱ，Python は，ヤダナ

R と Python での分布関数について

そのたんびに確認しないといけないので，図にしておこう