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Julia ときどき R, Python によるコンピュータプログラム,コンピュータ・サイエンス,統計学

簡単なデータ前処理で速度比較 tidyr, BaseR, AWK

2022年08月27日 | ブログラミング

sample.csv は 17035201 行の CSV ファイルである。最初の 7 行は以下のようになっている。

"id","label","label2"
1,"aaa","あああ"
2,"aaa","いいい"
3,"bbb","ううう"
4,"bbb","えええ"
5,"ccc","おおお"
6,"ccc","かかか"

これを入力とし,以下のように変更を加え出力する。

"id","new_label"
1,"aaa_あああ"
2,"aaa_いいい"
3,"bbb_ううう"
4,"bbb_えええ"
5,"ccc_おおお"
6,"ccc_かかか"

# tidyr

あまり 'tidy' なプログラムでもないが,この 3 行のプログラムでの実行時間は 11.633, 11.909, 12.028 であった。
平均値は 11.857 秒。

library(dplyr)
library(tidyr)

system.time({
    sample = read.csv("sample.csv")
    sample_col <- sample %>% unite(new_label,label,label2,remove=TRUE,sep="_")
    write.csv(sample_col, "tidyr.csv", row.names=FALSE)
})

# Base R

最近では tidyr は知っているが,Base R は知らない(書けない)という人も多いようであるが,この 4 行のプログラムでの実行時間は 12.017, 11.987, 12.020 であった。
平均値は 12.008 秒。

system.time({
    sample = read.csv("sample.csv")
    sample$new_label = paste(sample$label, sample$label2, sep="_")
    sample = sample[c("id", "new_label")]
    write.csv(sample, "BaseR.csv", row.names=FALSE)
})

# AWK

AWK を知らない人も多いと思うが,この例のような簡単なデータ前処理には十分使える。
この CSV ファイルの構造をフルに利用して,実質 4 行のプログラムを書く。
これくらい短ければ,使い捨てのプログラムをすぐ書ける。
実行時間は 11.026, 11.087, 10.952 であった。
平均値は 11.0217 秒。

BEGIN {
    getline
    print "\"id\",\"new_label\""
}

{
    sub("\",\"", "_", $0)
    print $0
}

結果

AWK が最速という結果になった。

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