クラスタ分析後の樹形図の作成
初学者? (2009-01-21 (水) 18:25:08
質問ですが、クラスター分析後に樹形図を作成しましたが、（縦型）樹形図の最下部にある表示が数字で表示されています。その部分を、たとえば、各サンプルの名前など、データに存在するサンプル名に表示できないでしょうか？
たとえば、下記のプログラム例ですと、（縦型）樹形図の最下部に数字が表示されます。irisデータで、Speciesの表記、setosa、versicolor、virginicaを表示させることは可能でしょうか？
あれ，つい最近，実世界で，私も質問されたぞ。。。
そのときの答えは，? plot.hclust を読んでね！ということだったさ
DST.d <- dist(iris[,1:4]) # ちなみに，ここは元のままではまずいから，直したよ
DST.hc1<-hclust(DST.d, method="ward")
plot(DST.hc1, hang=-1, main="ウォード法", labels=as.character(iris[,5]))
iris の第5列は Species で，要因型（factor)だよ。あなたが書いたように，DST.d <- dist(iris) とすると，エラーが出なかったかい。エラーが出なかったかもしれないが，種を表すデータを使って距離行列を求めると，それはインチキだよ。だって，答えを使って答えを導くことになるでしょが？
> DST.d <- dist(iris)
Warning message:
In dist(iris) : 強制変換により NA が生成されました
蛇足ながら，plot で hclust が返すオブジェクトを引数にすると，実際は plot.hclust が使われるのさ
初学者? (2009-01-21 (水) 18:25:08
質問ですが、クラスター分析後に樹形図を作成しましたが、（縦型）樹形図の最下部にある表示が数字で表示されています。その部分を、たとえば、各サンプルの名前など、データに存在するサンプル名に表示できないでしょうか？
たとえば、下記のプログラム例ですと、（縦型）樹形図の最下部に数字が表示されます。irisデータで、Speciesの表記、setosa、versicolor、virginicaを表示させることは可能でしょうか？
あれ，つい最近，実世界で，私も質問されたぞ。。。
そのときの答えは，? plot.hclust を読んでね！ということだったさ
DST.d <- dist(iris[,1:4]) # ちなみに，ここは元のままではまずいから，直したよ
DST.hc1<-hclust(DST.d, method="ward")
plot(DST.hc1, hang=-1, main="ウォード法", labels=as.character(iris[,5]))
iris の第5列は Species で，要因型（factor)だよ。あなたが書いたように，DST.d <- dist(iris) とすると，エラーが出なかったかい。エラーが出なかったかもしれないが，種を表すデータを使って距離行列を求めると，それはインチキだよ。だって，答えを使って答えを導くことになるでしょが？
> DST.d <- dist(iris)
Warning message:
In dist(iris) : 強制変換により NA が生成されました
蛇足ながら，plot で hclust が返すオブジェクトを引数にすると，実際は plot.hclust が使われるのさ
