「新世紀エヴァンゲリオン」の庵野秀明監督は、西崎との雑誌対談で次のように語っている。ちなみに「ヤマト」のテレビ初放映時、庵野は中学二年生だった。 「ヤマトに出会った時は、僕の周りの同世代は『アニメはそろそろ卒業かな』という風潮でした。でも、僕はヤマトに出会って中学以降もアニメを見続ける人たちになってしまいました。僕の高校時代はヤマト一色の生活でしたね。初めて自分で描いたセルアニメーションもヤマトでした。ヤマトが手前にくる動きを８㎜フィルムで撮って…というようなことをやってずっと楽しんでいましたね。それが僕の一番最初の自作アニメの体験です。ヤマトを見て、アニメを続けてきたんですね」（「週刊プレイボーイ」二〇〇八・二・二五号）
西崎は作家気質のプロデューサーだっただけでなく、勝負勘に秀でた興行師でもある。初の映画公開では、捨て身の一発勝負にもひるまない大胆さを発揮した。映画には素人同然の個人プロデューサーが一流スタッフ陣を束ね、悪戦苦闘して作り上げた未知のオリジナル作品を世に問う。──このチャレンジストーリーには、それだけで時代を越えた痛快さがある。しかも西崎は製作費を全額自己出資するという大リスクを負っていた。映画が当たれば利益は総取り、外せば身の破滅という大博打である。はたから見れば、これほど面白いドラマはない。 昭和五二（一九七七）年八月に公開された劇場版「宇宙戦艦ヤマト」は大方の予想を裏切って空前の大ヒットとなり、西崎は奇跡的な勝利を得た。そしてこの成功を境に日本アニメ界は新時代へ向かって動き出し、転換期を迎えていた映画界もアニメの影響力を認識していく。
それはさておき
Population-scale long-read sequencing uncovers transposable elements associated with gene expression variation and adaptive signatures in Drosophila
高品質な リファレンスゲノムは、ゲノムの機能、構造、進化を理解するために非常に重要です。リファレンスゲノムが利用できるようになったことで、生物学、疾病、生物多様性保全における遺伝的変異の役割の推測を開始することができるようになりました。しかし、生物界全体の解析から、集団に存在するグローバルな遺伝的多様性を捉えるには、単一の参照ゲノムでは不十分であることが示されている。本研究では、モデル生物として知られるD. melanogasterの32の高品質リファレンスゲノムを作成し、構造変異の中で最も一般的なタイプであるトランスポゾーム要素の変異の同定と解析に焦点を当てます。その結果、5つの気候地域の自然集団の遺伝的変異を統合することで、挿入の検出数が58%増加することを明らかにした。さらに、ロングリード法で同定された挿入の26%から57%は、ショートリード法では見逃されていた。また、遺伝子発現変動に関連する数百のトランスポーザブルエレメントと、この種の適応進化に寄与する可能性の高い新しいTEバリアントも同定した。この結果は、自然集団に存在する遺伝的変異をゲノム研究に取り入れることの重要性を示唆しており、ゲノムがどのように機能し進化していくのかを理解する上で不可欠なものである。
はじめに
トランスポーザブル・エレメント（TE）やその他の構造変異（SV）は、真核生物ゲノムの多くに存在し、重要な役割を担っているにもかかわらず、その研究はほとんど行われていない。これは主に、ここ数十年のハイスループット・シーケンスのリード長がショートリードに限定されていることに起因しています1,2,3。ショートリードは、推論手法で特定できるSVのアノテーションを制限するだけでなく、リードをマップするために参照ゲノムが必要であり、少なくとも3つの大きな欠点を持っています。(i) SVの遺伝的背景やゲノムコンテキストに関する情報が通常失われる4、(ii) 特定の参照ゲノムを用いて同定可能なものに解析が偏る3、10、11、 (iii) 参照ゲノム中の反復配列が配列決定したリードよりも長い場合、十分に特性評価されない12。特に TE の場合、コピーの配列分岐とその極めて高い反復性という 2 つの理由により、ショートリードを使用することの限界はさらに悪化します13。このような複雑さにより、ゲノムの構成、機能、進化をより良く理解するために取り組むべき重要な側面である、種間および種内の TE ダイナミクス研究が大きく制限されている14。
近年、DNAシーケンスのリード長に関する技術開発が進み、参照ゲノム15,16,17,18,19,20の質と完全性が向上しただけでなく、同一種の複数個体の高品質ゲノムが大幅に増加し、比較集団ゲノム学の新時代が到来している21,22。ゲノムの繰り返し領域にまたがるロングリードの能力と、複数の個体の配列を比較的安価に作成できることから、これまでゲノムに存在しなかった領域や、誤って組み合わされた領域を解決して比較する可能性が出てきました3,8,23,24,25。これは、異なる生物におけるTEの構造、活性、動態を調べる能力を大幅に改善する可能性を秘めていると言えます20,26,27。
キイロショウジョウバエは、真核生物ゲノムの中でも最もよく注釈されたゲノムを持つだけでなく、いくつかの活発なTEファミリーを持つことから30、TEを研究する上で最も優れたモデル動物の1つである。興味深いことに、このようによく研究されている生物であっても、ロングリードシーケンスアプローチにより、TEの進化的ダイナミクスについて新しい洞察が得られています8,31,32。しかし、これらの研究は、TEをアノテーションし解析するために、主に標準的な相同性ベースのアプローチ（例えば、RepeatMaskerやRepBase）を用いるため、解析対象が利用可能なライブラリに既に存在するTEファミリーに限定され、解析対象集団に存在する変動性を十分に活用できていないのが現状である。
ここでは、主にヨーロッパで収集された、5つの異なる気候地域に位置し、5つの主要な気候タイプのうち3つに属する集団から得られた32のD. melanogaster自然株について、ロングリードシーケンスを用いて高品質なゲノムアセンブリを作成しました（図1）。この新しいゲノムリソースを用いて、自然集団で観察される変動性を考慮したコンセンサスTE配列のライブラリーのde novo構築とマニュアルキュレーションを行いました。この手動でキュレーションしたTEライブラリを用いて行ったゲノムアノテーションは、現在のD. melanogasterのゴールドスタンダードTEアノテーション（FlyBase）を凌駕するだけでなく、TEアノテーションのための最新のショートリードベースの手法と比較して有意な改善を示しました。さらに、新たに塩基配列を決定した32ゲノム、世界的に高品質な追加14ゲノム、および参照ゲノムにアノテーションされたTEコピーを共同で詳細に解析した結果、20ゲノムの解析でアフリカ外のD. melanogaster自然集団における共通の遺伝的変異のほとんどを回復できること、その近傍遺伝子の発現変化に関連する数百のTEを特定できること、以前の最も広範囲な解析に比べて正の選択の証拠があるTEを31%以上特定できること、が明らかにされた33。
レトロトランスポーザブルエレメント（RTE）の活性は有害な作用を起こす可能性があり、RTEの活性化は加齢とともに高まる。ヒトのRTEのうち、自律的なレトロトランスポジションが可能なものは、L1（long-interspersed element-1；別名LINE-1）のみである。今回J Sedivyたちは、マウスとヒトの細胞で、細胞老化の際に、L1エレメントの転写抑制が解除され、I型インターフェロン（IFN-I）応答を引き起こすことを示している。IFN-I応答のロバストな活性化は老化細胞の新たな表現型の1つであり、いわゆる老化関連分泌表現型に著しく寄与することが明らかになった。IFN-I応答はISD（IFN-stimulatory DNA）経路を介して起こり、L1相補的DNA（cDNA）合成を阻害するヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤（NRTI）によって拮抗される。意外にも、老齢マウスにNRTIを投与すると、IFN-I応答に効果的に拮抗できるだけでなく、加齢関連炎症や、腎臓の糸球体硬化症や骨格筋萎縮などの加齢関連表現型も抑制した。インフラメージング（inflammaging）とも呼ばれる無菌性炎症は加齢の特徴の1つであり、さまざまな加齢関連疾患に関与すると考えられている。著者たちは、L1エレメントの活性化がインフラメージングを促進し、L1逆転写酵素は加齢関連疾患の治療薬開発の標的になる可能性があると述べている。
