水産庁は、沿岸へのクロマグロＴＡＣ導入直前の水政審資源管理分科会（5月31日）やパブリックコメントの意見を踏まえ、30㎏以上の大型魚の漁獲枠の超過の可能性が減少し、留保の必要がない留保分を順次配分することになった。また現地、水政審の意見を聴き、速やかに配分方針を示す。
水産庁によると、パブコメは5月29日から6月6日まで実施され140件の意見が寄せられた。公表された内容では「大型魚を含めたＴＡＣ導入に納得できない」や「沿岸漁業の配分が少なすぎる」といった疑問、反発の声が多い。
水産庁は6月1日に取りまとめた「水産政策の改革」について全国6ヵ所で説明会を開き、広く国民から意見を聞いているが、25日には札幌の説明会に漁協、系統団体、道行政の関係者160人が出席し、「既存の漁業権を守ってほしい」「現行法制度を変える理由がわからない」「漁業権の優先順位の廃止には反対」といった要望意見、疑問の声が上がった。
この説明会には、水産庁漁政部の藤田仁司企画課長、清水浩太郎水産経営課長らが出席し、改革策定の経緯、政策変更の必要性、全体像と資源管理、海面利用、漁協制度など重要項目を説明し、質疑応答を行った。
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水産庁が発表した「水産政策の改革」で海区漁業調整委員の選出や構成にかかわる見直しが盛り込まれたことから、全国海区漁業調整委員会連合会（全漁調連、内田健会長）は25日、水産庁など関係省庁に現行制度の堅持を求める中央要請を行う。
水産庁が自民党に示し、「骨太の方針2018」（閣議決定）に盛り込まれた「水産政策の改革」では、水産資源管理のパートで海区漁業調整委員会に言及し、「適切な資源管理等を行うため、委員の選出方法を見直すとともに、資源管理や漁業経営に精通した有識者・漁業者を中心とする柔軟な委員構成とする」との項目が入っている。
農業・農協改革においては、農地法の規制緩和のほか、農業委員会法が改正され、公選制から任命制に変更された。漁業においても今回、「漁業権の優先順位の廃止」など漁業法の改正が避けられない情勢で、海区委員会についても任命制への移行やそれに伴う組織機能の変更が懸念されている。
全漁調連の要望書は、「漁業者及び漁業従事者を主体とする漁業調整機構」としての役割を堅持するため、①委員の選出方法や委員構成は見直す必要がない②漁業権の免許における海区委員会の役割を堅持する③免許の優先順位の廃止は、既存の漁業権者が優先して免許を受けるための判断基準を明確にし、免許の競願がある場合に優先順位に代わる判断基準を明確にする④漁業法の改正は事前に内容を各海区委員会に説明し、意見集約を行う−の4項目からなる。