「マクネマー検定についてのページ」で epibasix パッケージに mcNemar 関数があるのを知った。
しかし，この関数の実装は余り良くない。
(1) P 値が 0.001 より小さい場合，
McNemar's Chi^2 Statistic (corrected for continuity) = 12.345 which has a p-value of: 0
などと，表示され吃驚する。digit=3 になっているため 0.001 未満は 0 と表示されてしまうのだ。which has a p-value of less than 0.001 とか，せめて 0.000 とでも表示すればいかが？あるいは，デフォルトを digits=7 程度にしておくとか。
(2) "the number of discordant pairs exceeds 30" ということで，30 未満のときには force=TRUE などとやらねば，
以下にエラー mcNemar(data1, digits = 7) :
The number of discordant pairs, must be greater than 30 to ensure validity.
などと，惨めな結果を思い知らされる。「なんにも計算しない」のではなく，警告メッセージと共に結果を表示すれば良いではないか。
さらにいえば，30 未満のときには二項検定を行ってその結果を表示すべき。さらにさらに，別に 30 未満に限らず，常に二項検定を行えばよいだけ。
> (x <- matrix(c(21, 3, 26, 72), 2))
[,1] [,2]
[1,] 21 26
[2,] 3 72
> mcNemar(x)
以下にエラー mcNemar(x) :
The number of discordant pairs, must be greater than 30 to ensure validity.
> mcNemar(x, force=TRUE)
Matched Pairs Analysis: McNemar's Chi^2 Statistic and Odds Ratio
McNemar's Chi^2 Statistic (corrected for continuity) = 16.69 which has a p-value of: 0
McNemar's Odds Ratio (b/c): 8.667
95% Confidence Limits for the OR are: [3.319, -41.595]
> mcNemar(x, force=TRUE, digits=5)
Matched Pairs Analysis: McNemar's Chi^2 Statistic and Odds Ratio
McNemar's Chi^2 Statistic (corrected for continuity) = 16.68966 which has a p-value of: 4e-05
McNemar's Odds Ratio (b/c): 8.66667
95% Confidence Limits for the OR are: [3.31909, -41.59499]
> mcnemar.test(x)
McNemar's Chi-squared test with continuity correction
data: x
McNemar's chi-squared = 16.6897, df = 1, p-value = 4.402e-05
> binom.test(3, 29)
Exact binomial test
data: 3 and 29
number of successes = 3, number of trials = 29, p-value = 1.524e-05
alternative hypothesis: true probability of success is not equal to 0.5
95 percent confidence interval:
0.02186374 0.27351520
sample estimates:
probability of success
0.1034483
