PaintShopPro(ver.7)では"クローンブラシ"を使って、周りのそれっぽい色を利用して塗りつぶして"ゴミ"を消していました。
(場合によってはなじませツールを使って違和感ないようにしておくということも付加していました)
"paint.net"では複製ブラシを使うようです。
複製スタンプを使用して、写真を加工する
http://www.dougamanual.com/blog/211/1231/e5998.html
画像編集ソフト Paint.NET 使い方
http://www.dougamanual.com/blog/211/
Paint.net 入門
http://jfmaj6.html.xdomain.jp/
「paint.net」自動選択やヒストグラム補正のできるフリーのレタッチソフト - 窓の杜
https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/paintdotnet/