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1905年、パリ・オペラ座にて開かれたオークションで、年老いたラウルは懐かしい猿のオルゴールを落札する。続いて大型のシャンデリアが出品され、灯りが点るとともに時間が巻き戻り、壮大なオペラ座が蘇る。
1881年、新作オペラ「ハンニバル」リハ中の事故に怒ったカルロッタが降板。コーラスガールのクリスティーヌが主役を務め、オペラは無事開幕する。
オペラ座のパトロンであるラウルは、幼なじみのクリスティーヌの活躍を祝い、ふたりは再会を喜ぶ。しかしクリスティーヌは、鏡の中から現れたオペラ座の怪人に、オペラ座の地下室へと連れ去られてしまった。
怪人は、クリスティーヌの音楽の先生だが、バイオリニストだった亡き父と怪人を重ねてしまい、怪人の素顔を見たいクリスティーヌは怪人の仮面を外してしまう。しかし、怪人の醜い素顔に驚いたクリスティーヌはただ泣き、怯えるしかなかった。
オペラ「イル・ムート」ではカルロッタが主役に返り咲き、クリスティーヌは脇役へ。その配役に怒った怪人は、公演中にカルロッタを失脚させ、大道具のブケーを縄で絞め殺す。パニックに陥るオペラ座。
クリスティーヌは怪人を恐れ、ラウルと共にオペラ座の屋上へ。怪人の呪縛に苦しむクリスティーヌをラウルは優しく包み込む。クリスティーヌはラウルとキスしふたりは恋人同士に。それを見ていた怪人は嘆き悲しむが、やがて怒りを爆発させ、クリスティーヌめがけてオペラ座のシャンデリアを落下させるのであった。
半年後、仮面舞踏会（マスカレード・ガラ）に怪人が赤い骸骨（レッド・デス）姿で乱入。クリスティーヌからラウルの婚約指輪を奪い取り、怪人は姿を消す。ラウルは、怪人の過去をよく知るマダム・ジリーから、オペラ座の怪人の正体について話を聞き出す。
ラウルは支配人（フィルマン、アンドレ）らと共に、怪人をおびき出し殺害することを企てる。怪人に怯え、その企てには反対するクリスティーヌは、亡き父が眠る墓地へと向かう。
墓地に現れた怪人は、クリスティーヌに催眠術をかけ連れ去ろうとするが、追跡していたラウルがクリスティーヌを救出。怪人はふたりに宣戦布告する。
オペラ「ドン・ファン」の公演中に、クリスティーヌを捕らえた怪人は再び地下室へ。怪人はクリスティーヌに結婚を申し込む。ラウルがあらわれクリスティーヌとともに逃げ出そうとするが、怪人はラウルの首に縄をかける。怪人は「私かラウル、どちらを選ぶのか」と、クリスティーヌに選択を迫るのであった。（引用）
