市町村がごみ処理施設を整備する場合は一部の例外を除いて国の補助金を利用することになります。一般的には環境省の補助金を利用することになりますが沖縄県の場合は他の都道府県よりも防衛省の補助金を利用する場合が多くなります。
そこで、環境省の補助金と防衛省の補助金の違いを整理してみました。
環境省の場合は設備の処分制限期間は７年で防衛省の場合は１０年になっています。したがって、この期間を過ぎるまでに補助事業を休止又は廃止した場合は設備のために利用した補助金と建物のために利用した補助金（残りの部分）を返還しなければなりません。また、設備の処分制限期間を過ぎても建物の処分制限期間を過ぎていない場合に補助事業を休止又は廃止する場合は建物のために利用した補助金（残りの部分）を返還しなければなりません。
なお、環境省の場合は加重平均耐用年数という特例があるため、経過年数が１５年から２０年を超えると補助金の返還義務はなくなります。しかし、防衛省の場合はそのような特例はないので、５０年間は補助金の返還義務が残ります。
もう１つ、国の補助制度には包括承認事項という特例がありますが、これは全省庁共通の特例になっています。ただし、ごみ処理施設に対してこの特例が適用されることはほとんどありません。なぜなら、包括承認事項が適用されるのはその地域においてその施設が不要になっている場合（過疎化や市町村合併等により不要になっている場合）に限られるからです。
この包括承認事項については国や県の職員であっても十分に理解していない場合が多いので、市町村の職員は注意が必要です。
※中城村北中城村清掃事務組合は供用開始から１０年を経過した平成２６年度からごみ処理施設の整備（焼却炉の長寿命化や更新等）に当って国の補助金を利用しないごみ処理を実施していますが、同組合のごみ処理施設は防衛省の補助金を利用しています。したがって、同組合が建物の目的外使用を行う場合（溶融炉を休止又は廃止する場合等）は建物を整備するために利用した補助金のうち４０年分を返還することになります。
