僕は、色々使い方もあると思うのですが、
すべてのピックアップの出力のバランスを合わせるのが基本だと思っています。
それから、ピックアップの高さは、特にハンバッカーは、各弦ごとに
高さを合わせることができます。
イコライジングに凝る前にこういう調節で、ずいぶん弾き心地が変わるものです。
ちなみにサスティーンを得ようと弦にピックアップを近づけるのは、
かえって良くないと思います。ピックアップの磁力が弦に干渉して運動を止めてしまうんだそうです。
僕も木の鳴りが消え、ピックアップの感度だけ強調され、好きではありません。
しかし、わからない時は、一度は専門家に見てもらうと良いと思います。
幸い京都には、リペアに強い、フルアップとか僕も出入りしている
イーストヴィレッジギターなど良い楽器屋もあるので一度、見てもらうと良いです。
リペアの専門家は、本当に弦を張ってもらうだけで、音が違うぐらいスゴいです。
そういう訳で、ピックアップの高さは、調節出来ます。
お試しあれ。