PC用として一般化するかは分からないけれど

Thunderbolt接続の外付けHDDと言うことは、PCI-Ex1接続ですわな。

現状、Macのわりと新しいモデルオンリー＠impress
http://akiba-pc.watch.impress.co.jp/hotline/20120331/etc_wd.html

ただ、標準搭載になるようなことがあるならば……標準でカバーを付けて欲しいところです（＾＾；
PCI-Eとして繋がるわけだから、ホコリが詰まってショートした日にゃまじめにCPUまで焼けてしまいますからね(汁

それ以外では、省スペースマシンに乗せて拡張……って、最近のマシンじゃ拡張することも少ないですね。
外付けGPUをポン付け出来るようになるといった所ですが、内蔵GPUの性能向上を考えると疑問符が付くかな？
より帯域を増やした上で、それこそ何らかの独自規格でサーバに使ったりするところが出て来たりするかもしれませんね。