確かに安いなぁ……

インストールも外付けUSB接続のドライブやUSBメモリから行うなら、光学ドライブで埋める必要も無いし。

5kを切るH61マザー＠ASCII
http://ascii.jp/elem/000/000/775/775105/

一応、PCI-Ex16とx1があるので、（蟹さんの）オンボードNICが気にくわないならintelのNICを挿してオンボードNICをOffにしましょう。
そして、メインメモリをフルに回すとともにCUDAを使った方が幸せになれるのでGT6xxを乗っけると良いでしょう。

あとは、システム周りを64GのSSDに乗せて、残り三つをHDDとしてファイルサーバ兼用マシンのできあがりと言った所でしょうか？