燃料・水・安全という面で、こうした場所のほうが有利な立地だったのですよ

日本に於いて、時たま発生する地震や、毎年やってくる台風から身を守り、生活や農耕に必要な水を得る初期的な手段だった訳です。

トレードオフとして、日照が限られちゃいますけどね＠NHKエコチャンネルblog
http://www.nhk.or.jp/ecochan-blog/400/215852.html

ムラが起こり、人が増え人的資本の蓄積が進んで初めて平野部に進みクニになったんじゃないかなぁ。
もちろん、古代の平野部なんて森や草原だったのでしょうが、治水を行い水利を整えるだけの資本が蓄積されない限り、平野部で大規模に人が住むことは不可能だったのだと思います。

治水さえ行えば、割と水に困らない日本では有りますが、日本の河川って流れが速いのよね……そして、余程大きな治水が出来なければ、川が暴れて社会資本が大打撃を受けるというお約束があるのです。
そして、毎年のイベントとして台風が有る訳です。

水田という連作障害の出ない主食の栽培形式（そして、米というチート作物……縄文時代だと粟や稗？）ではありますが、代わりに台風というハンデを背負っているため、平野部への進出には時間が掛かったのだと思います。