違和感の一つは、成立していないように聞こえる会話。例えば（18:27:10、事故当日の実時間、動画の左上表示）でACC（Tokyo Area Control Center：東京航空交通管制部、通称東京コントロール、所沢）が緊急事態の内容(nature of emergency)を聞いているのに、応答が聞こえない。何が異常なのか、不明なら不明と、先ず第1に伝えるはずでは？
別の違和感は本当に完全に制御不能（uncontrol）なのかという点。CAP(機長)は最初から最後まで「ライトターン！」、「レフトターン！」、「頭上げろ！」、「コントロール取れ！」などと指示しており、COP(副操縦士)が「ハイ！」と従っており、「利きません！」や「ダメです！」などとは(ほとんど)言っていない。どころか、18時40分頃から山梨県大月市上空をぐるり一回転して高度が大幅に下がった（22000ftから17000ft）後、相模湖のあたり（18:44:46）でF/E（機関士）が「フラップ(注：離陸・着陸時に展開する主翼可動部分)出しましょうか？」と問い、CAPが「まだはやい」と答えている。「まだはやい」との返答は、いずれフラップを降ろす＝着陸準備に入る、ことが前提のように思える。さらに続いてCOPが「ギア(車輪)降りてますか？」、F/E「降りてます」と答え、一層着陸準備をしているようにも思える。さらに数分後の18:47には高度9000ft（約3000m）まで下がり、横田は18:45:35頃から盛んに受け入れ態勢完了（Yokota Approach on guard.）と繰り返している（ただし、If you hear meと続くので交信は成立していないらしい）。
目前には横田基地の長大な3000mの滑走路が見えている。
機長は垂直尾翼にトラブルがあった場合の飛行方法について経験を積んでいたという。
朝日新聞1985年8月15日（木曜）朝刊
事故発生しております。
18:25:20 社内無線ディスパッチャーと機体
操縦性について報告してます。
18:26 管制官が異常事態に気付いて、後続
機に2万2千フィート上昇して、回避を指示
18:27:20 トラブル発生連絡してます。
元事故調査官平栗氏は、1万5千フィートに
機体は上昇し終わったとTVで話してます。
ニュースデスク 田畑 光永アナウンサー
と 運輸省元事故調査官の平栗 元喜氏の会話
私どもの常識ではまあ東京から大阪に向か
うのになんでその長野県で落ちたのが非常
に不思議なんですが、この顛末どういう風
にお考えになりますか？
通常ならば羽田から南へ来まして、三浦半島
の南を通りまして、西の方へ向かって飛行す
るので、全く海上を通って飛行するコースと
は、異なっていると言う事が、言えるのでは
無いかと思います。
ウラガ6出発経路から、三浦
半島の南を掠めた事になります。
東京航空交通管制所（ACC）
緊急事態を示す『EMG』の文字がレーダー画面
に表示され、小さなブザー音が鳴り続けた。
18:27:10 （ACC）
JAL123へ 緊急事態で有ることを確認するが、
その通りか？
18:27:13 (JAL123)
その通り
18:27:14 (ACC)
ラジャーJAL123
18:27:20 （JAL123）
JAL123から東京 日本航空123便
トラブル発生直ちに えー羽田への
リターンを要求！
2200フィート（670m）への降下と
メンテンを要求
オーバー
18:27:37 （ACC）
ラジャー 要求は全てクリアーされた
羽田空港航務課に航空機救難調整本部
（RCC）が置かれ、緊急着陸の準備が始まる
ジャンボ機は駅上空を過ぎると大きく
右旋回し、北側へ向かい、いつも見る
コースから外れた。
旋回の傾きは90度近く、乗客はパニック
状態になるのではと思った」
「女性はキャー、子供達はお母さんと言う
叫び声で一杯になった」
落合 由美氏の証言
18:27:40 (JAL123)
大島へのレーダー誘導を要求
18:27:42 (ACC)
ラジャー右旋回か 又は左旋回か？
18:27:42 (ACC) ラジャー右旋回か
又は左旋回か？
18:27:45 (JAL123) 右旋回を要求
18:27:49 (ACC) JAL123 大島へ
レーダー誘導の為 右旋回、磁針方位
90度で飛行せよ)
18:27:52 (JAL123) ラジャー、
バッドナウアンネイブルコントロール
アンコントロールは偽造です。
当初はアンネイブルコントロールで、
技術的に操縦が、難しくなる場合を
示していました。