【ジャミングで目潰しした上で】そもそも、攻撃する判断とか地上局からの制御で行われるから【乗っ取ったんだろうねぇ】

地上局との遠隔制御を防げば、バイラクタルTB2に限らず見通し通信に依存するタイプなら無力化出来る訳。

ほぼ、ロシアの最新モデルの電子戦システムなのかな＠航空万能論
https://grandfleet.info/russia-related/russian-army-succeeds-in-neutralizing-bayraktar-tb2/

運用上、二重三重の防空システム（低層のパンツィーリS1やシルカから、中高高度までカバーする上位のシステムまで）による援護が不可欠だろうけれど、原理的に見通し距離なら無力化出来て、ロシア軍基地から……って所に規模と周辺システムの必要性を感じる（＾＾；

衛星航法装置が阻害されても、モノとしては慣性航法システム等で自律飛行する（んが、現状だと射撃管制用の通信を奪うだけでもミッションキルが可能って事か）ところを墜落に追い込んだ辺りは不明。
推測として、通信信号を解析して『墜落させた』か、高性能アンテナと電波出力の出力イズパワーで『システムに対してレンジでチン』したか、純粋にミサイル他で撃墜したかですね。

方向性として、将来的にはこうした機体を運用する際には、電子戦を喰らったら仕掛けられた座標に突入して自爆するとか、より大型の機体とペアを組んでいて其方からハーピーの様な類いの機体を高価値目標な電子戦システムに突入させる（てか、対レーダーミサイルでも十分に元が取れるか）等があり得るでしょう。
対抗システムの分散化だったり、コモディティ化による標準装備化だったり、デコイを兼ねたシステムだったり色々と考えられる訳。

かくして、攻撃側も防御側も対抗手段を持たせて状況に対応して行くことで、ごくごく当たり前の光景へと陳腐化して行くのでありましょう……極論するとね？
何のことは無い、何時もの戦争。


PS.
焼き切るのだったら、進行波管をマガジンのようにガシャコン入れ換えて交換する形にして、文字通りカメラのフラッシュの如く焼き切る前提でガッシャンガッシャンと高出力の電磁パルスで回路を焼けないかな？
ソヴィエト･ロシア式割り切りを考えるに、電磁波照射システムの発信器側でそーゆー機構を用いた出力イズパワーをやっていそうな気が……しないかなぁ？