正しいのはどっち？

先日、仕事でメールを打っていました。

上司のメールを代わりに打ってあげていたのですが、

「手続きを完了しましたので、書類を送付します」

という文章を見て、

上司：「を」じゃなくて「が」だろ！！

かぇる：？？？？

どうやら、

手続き が 完了した

が正しいと言いたいもよう。

・手続き を 完了する

・手続き が 完了する

私的には、どっちでもええんちゃうの？って感じなのですが、そんなに力いっぱい否定するほど「が」が正しいのでしょうか？

どっちでもええので、何も言わず「が」に訂正しましたが、後で考えると腑に落ちず。