統計ブログはじめました！

各専門分野の統計技術、方法、テクニックなどを気ままに分かり易く例題をもとに解説します。

医学と統計(66)

2011-06-30 10:42:07 | 日記・エッセイ・コラム

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テキストマイニング分析ソフトの使用経験（その４）
「KH coder」の使用説明書の通りに、下記URLから、　　　
　　　　　http：//kstat.sakura.ne.jp/dbase/dbase.html

ダウンロードした、
「DoctorQuestion．txt 」で試していただければ良いと思います。ここでは、「コーディングルール」について簡単に述べておきます。
筆者は、
上記URLの画面に表示されている「ダウンロード（医師・患者アンケート）」からダウンロードした「Enquate．xls （sheet名：医師自由文）」の内容を、次の様にまとめコーディングルールとして「themeDoctor．txt」名で保存しました。

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------
＊患者
患者 or 来院 or 症状 or 悪化 or 説明 or 理解 or 紹介 or 病院 or 病気
＊薬剤
ステロイド or 薬　or 副作用 or 漢方薬 or 強い or 薬剤 
＊診断（治療)
診療 or 診断 or 疾患　or 適切 or 診療 or 丁寧 or 方法 or 原因 or 診察 or 検査 
＊医師
前 or 医師 or 専門医 or レベル or 報酬 or 病状
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------
（上記をコピーし「メモ帳」にペーストし「themeDoctor．txt」名で保存して使用する）

「KH coder」の操作：
「ツール」→「コーディング」→「章・節・段落ごとの集計」→

図６　コード出現率の集計手順
　① コーディングルール・ファイル ： 「参照」をクリック
　② コーディング単位　　　　　　　 ： 「段落」を選択
　③ セル内容　　　　　　　　　　　  ： 「度数とパ＾セント」を選択
　④ 「集計」をクリック

出力結果は下記の図６の様になります（編集しています）。

図６　コード出現率の編集結果
Doctorcordinng

カイ二乗値（Chi-squared）のｐ値は、例えば、
下記の分割表（２×３）から求められます。
--------------------------------------------------
　病院規模　　　患者 　　　対照
小規模病院 　　  40        72-40=32
中規模病院        11        17-11=  6
大規模病院          8         17- 8=  9
---------------------------------------------------

「KH coder」の使用方法については、このくらいにして、次回からは、「KH coder」に用意されている対応分析、多次元尺度構成法、階層的クラスター分析、共起ネットワークについて考えたいと思います。

次回に続く！

 

 


医学と統計(65)

2011-06-23 10:08:10 | 日記・エッセイ・コラム

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テキストマイニング分析ソフトの使用経験（その３）

「補足」：
★先号(64)でのHTMLタグ（h2～h6）はホームページ言語でのことで、「KH Coder」のマーキングではありません。
★KH Coderの著作権は立命館大学産業社会学部 現代社会学科准教授　樋口耕一　先生が保持しています（http://www.ritsumei.jp/ss/ss07_01_i.html  からの情報です）。

それでは、
下記の図３で示した「 KH Coder のディレクトリー階層 」の「kh_coder．exe」をダブルクイックして「KH Coder」を起動して下さい。

図３：KH Coder のディレクトリー階層
Khcoderdirect3

起動後は、使用説明書の通りにやれば良いのですが、下記に要領を示しておきます。

● 初めに、プロジェクトの作成を行います。
「プロジェクト(P)をクリック」→「新規をクリック」→「対象ファイルの参照をクリック」→「DocterQuestion．txt を選択」→「開く(O)をクリック」→「OKをクリック」→
「現在のプロジェクト」に DocterQuestion．txt と表示されていればOKです。
次回からは、
「プロジェクト(P)」→「開く」→「プロジェクトマネージャ」→「DocterQuestion．txt を選択」→
「開く」

を実行して下さい。
● 前処理の実行を行います。
「前処理(B)をクリック」→「分析対象ファイルのチェック」→「OKをクリック」→
「・・・・・・前処理を安全に実行できると考えられます」と表示されたら→「OKをクリック」

そして、
「前処理(B)をクリック」→「前処理の実行をクリック」すれば、
計算単位とケース数が、（文、段落、H1）（109、106、3）と表示されます。

以上で分析の準備が終わりましたので、「KH Coder」に用意されている分析ツールを使ってみましょう。

１．ツール(T)→抽出語→抽出語リスト→オプション
　　・抽出語リストの形式：「頻出150語」を選択
　　・記入する数値：出現回数(TF)
　　・出力するファイル形式：Excel (*．xls)
２．「OK」をクリック
　　・DoctorQuestion_temp0．xls　が作成される（DocterQuestion．txt のあるフォルダー）
３．「DoctorQuestion_temp0．xls」は図４の様なものです。

図４　作成された抽出語のリスト
Freqtable

Excel で棒グラフにすれば分り易いでしょう（図５-a、図５-b）。

図５-a　抽出語リストの棒グラフ(1)
Docterquestionfreq1

図５-b　抽出語リストの棒グラフ(2)
Docterquestionfreq2

「KH Coder」には、もっと専門的な統計学的方法が用意されています。

次回に続く！


医学と統計(64)

2011-06-16 10:48:07 | 日記・エッセイ・コラム

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テキストマイニング分析ソフトの使用経験（その２）

下記の図２ で示した「 KH Coder のディレクトリー階層 」の C：\khcode\tutorial  を開くと「 kokoro2．txt 」がありますので、メモ帳で開いて下さい。
　　
図２：KH Coder のディレクトリー階層
Khcoderdirect2

<H1>----</H1> と <H2>----</H2> の様にタグで括られていることが分かります。KH Coder はこの様なタグで括られたテキストを対象としています。
したがって、
「 Enquate．xls （ sheet名：医師自由文 、患者自由文 ） 」 の分析も <H1> タグで括っておく必要があります。そこで、「 sheet名：医師自由文 」をメモ帳に ”コーピ＆ペースト”  して、「 小規模病院、中規模病院、大規模病院 」ごとに <H1> タグで括ります。
今回、ここでは 「 sheet名：医師自由文 」だけを下記の ＵＲＬ から、ファイル名「 DoctorQuestion．txt 」 をダウンロードして下さい。
（ダウンロードは「左クリック」→「ファイル」→「名前を付けて保存」をして下さい。「右クリック→対象をファイルに保存」はダメ！

http：//www3.ocn.ne.jp/~stat/dbase/dbase.html

「 DoctorQuestion．txt 」では <H1> 小規模病院 </H1> 、<H1> 中規模病院 </H1> 、<H1> 大規模病院 </H1> となっています。

この<H．>タグ は Web ページ （ インターネットホームページ ） を記述するためのマークアップ言語 （ HTML：HyperText Markup Language ）です。だから、余談（横道）ですが、
メモ帳に次の様に記述し、

<html>
<body>

<h1>小規模病院</h1>
　<br>急な悪化に対応で出来なかった。
　<br>原因究明と薬剤効果の確認が必要だ。
　<br>ステロイドの使用では説明が必要だ。
　<br>症状の悪化に適切な対応が出来ていなかった。
　<br>全身症状の軽減が出来ていなかった。<p>

<h1>中規模病院</h1>
　<br>難治性疾患である。
　<br>漢方薬のみで標準的治療がなされていなかった。
　<br>患者は治療すればすぐに良くなると思い込んでいる。
　<br>患者は診断名の変更で不安になり来院した。
　<br>患者は初診時の説明不足で転院する事がよくある。

<h1>中規模病院</h1>
　<br>悪性リンパ腫であり進行中である。
　<br>診療所からの紹介患者です。
　<br>診療所からの紹介患者です。
　<br>背景に医療問題がある。
　<br>前医でのトラブルで当院に来院した。

</body)
</html>

そして、
例えば、「khcoder．htm」 のファイル名で保存すれば、” Internet Explorer ”  などで開くことが出来ます。

「注釈」
　<h1> タグを <h2>～<h6> に変えて見て下さい。

次回に続く！


医学と統計(63)

2011-06-13 18:12:35 | 日記・エッセイ・コラム

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テキストマイニング分析ソフトの使用経験（その１）

診療現場での医師と患者の自由文アンケートを要約したファイルを下記のURLからダウンロード出来ます。

  http：//www3.ocn.ne.jp/~stat/dbase/dbase.html

画面の Down Loard （ 医師・患者アンケート ） をクリックしダウンロードすると、
「Enquate．xls （sheet名：医師自由文、患者自由文）」をみることが出来ます。ここでは、
このサンプル・ファイルのデータをフリーソフトの「KH Coder」を使って分析してみましょう。まずは、使用に当たって下記のURL にアクセスして下さい。

   http://khc.sourceforge.net/

そして、
「KH Coder の入手」から、Windows 版パッケージ 「 khcoder-2b25a-f.exe (2011 05/25) 」 をダウンロードして下さい。ダウンロードの後に、このファイルをダブルクリックすれば、自動的に下記のディレクトリー階層になると思います。

図１：KH Coder のディレクトリー階層

  Khcoderdirect

「KH Coder」は、ChaSen（茶筌）、MySQL（ リレーショナル・データベース ）、R （統計解析環境ソフト）、MS Excel  などをバックエンドとして利用していますので、これらの環境が必要かもしれません。多分、MS Excel  が使用出来る Windows OS  なら、大丈夫だと思います（保障は出来ません）。それでは、
図1 のディレクトリーにある使用説明書（ khcoder_tutorial．pdf ）を読み、使用方法を経験してみて下さい。

図２は次回に説明する Enquate．xls （ sheet名：医師自由文 ）の一例です。

図２：医師アンケートで出現頻度の多い抽出語
Doctorfreq

次回に続く！