斉昭の仏教嫌いは相当だったようで、その天保の改革の過程で、秘仏を逆さづりにしても霊験がなかったということで、金箔を剥いで燃してしまったなどということを書いたものもあるそうです。地名に「寺」を含んだ地名も、改めたりしたそうです。一方、東照宮にある頼房寄贈の灯籠は、役人が仏具と見なして処分しようとしたところ、斉昭の判断で残されたそうです。
江林寺(墓地 松本町9-6)
僧は追放となり、寺は破却されたそうです。現在は墓地だけが残り、祇園寺の管理になっているそうです。寺の跡地は臣下に与えられたそうです。
神応寺(元山町1-2-64)
神仏混淆で一緒に祀られていた雷神(別雷皇太神)を移そうとしていたところ、毎日火の玉が寺から出てくるということで、雷神だけは残され、神応寺だけが他の寺に合併させられたそうです。
本法寺(千波町2367)
天保14年(1843)に稲木村・久昌寺(旧・久昌寺)へ合併され、建物は神崎鋳砲所の燃料になったそうです。明治44年に本堂が復興するまでは墓だけだったそうです。今の建物はその後に建てられたそうですが、仮堂だそうです。
清巌寺(元吉田町3240)
下岩瀬村(現・常陸大宮市)の誕生寺へ合併されたそうです。弘化元年(1844)に再建されたそうです。
薬王院
当時上野・寛永寺の配下だったという薬王院は、金仏や鐘の供出を待ってくれという交渉をしたものの、そういう大切なものは上野へ持って行き、寺を出て行ってくれといわれ、かえって、寄進されていた田畑などを没収されたそうです。以後寺僧を置かないという処分(永無住)になったそうです。