ディスクの状態をチェックし、エラーを修復させるコマンドがあります。
chkdsk [ドライブ名:] [オプション]
このオプション
/f ディスクエラーを修復
/r 不良セクタを回復
/v 対象全てのディレクトリおよびファイル名を表示
この頃パソコンの動きが何か変だと思ったらこれを実行してみるとよさそうです。
Windows のシステムツールからもできますが、探しにくいところをウロウロイライラしながらみつけるよりも、こちらのほうが早いかもしれません。
まだ試していませんが、オプション /v をうっかりつけてはじめてしまうと、さあ大変、かな?