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日本国
| No. | 遺跡名称 | 遺産種別/登録年、拡張年※/登録基準/危機遺産※※ある場合のみ表示 |
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| 1 | 法隆寺地域の仏教建造物 | 文化遺産 / 1993/ (i)(ii)(iv)(vi) |
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| 2 | 姫路城 | 文化遺産 / 1993/ (i)(iv) |
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| 3 | 屋久島 | 自然遺産 / 1993/ (vii)(ix) |
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| 4 | 白神山地 | 自然遺産 / 1993/ (ix) |
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| 5 | 古都京都の文化財（京都市、宇治市、大津市） | 文化遺産 / 1994/ (ii)(iv) |
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| 6 | 白川郷・五箇山の合掌造り集落 | 文化遺産 / 1995/ (iv)(v) |
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| 7 | 原爆ドーム | 文化遺産 / 1996/ (vi) |
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| 8 | 厳島神社 | 文化遺産 / 1996/ (i)(ii)(iv)(vi) |
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| 9 | 古都奈良の文化財 | 文化遺産 / 1998/ (ii)(iii)(iv)(vi) |
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| 10 | 日光の社寺 | 文化遺産 / 1999/ (i)(iv)(vi) |
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| 11 | 琉球王国のグスク及び関連遺産群 | 文化遺産 / 2000/ (ii)(iii)(vi) |
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| 12 | 紀伊山地の霊場と参詣道 | 文化遺産 / 2004/ (ii)(iii)(iv)(vi) |
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| 13 | 知床 | 自然遺産 / 2005/ (ix)(x) |
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| 14 | 石見銀山遺跡とその文化的景観 | 文化遺産 / 2007/ (ii)(iii)(v) |
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| 15 | 平泉-仏国土（浄土）を表す建築・庭園及び考古学的遺跡群 | 文化遺産 / 2011/ (ii)(vi) |
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| 16 | 小笠原諸島 | 自然遺産 / 2011/ (ix) |
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| 17 | 富士山−信仰の対象と芸術の源泉 | 文化遺産 / 2013/ (iii)(vi) |
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| 18 | 富岡製糸場と絹産業遺産群 | 文化遺産 / 2014/ (ii)(iv) |
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| 19 | 明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業 | 文化遺産 / 2015/ (ii)(iv) |
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| 20 | ル・コルビュジエの建築作品‐近代建築運動への顕著な貢献 | 文化遺産 / 2016/ (i)(ii)(vi) |
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| 21 | 「神宿る島」宗像・沖ノ島と関連遺産群 | 文化遺産 / 2017/ (ii)(iii) |
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