正確には、元日の９時が１秒遅く来る。

2006年1月1日は1秒遅れに (ロイター) - goo ニュース

記事にある協定世界時とはＵＴＣで、ＵＴＣの０時０分０秒は、
日本時間では同じ日の９時０分０秒だ。

つまり、閏秒であるＵＴＣ２００５年１２月３１日２３時５９分６０秒は
日本時間、２００６年１月１日８時５９分６０秒になる。

と言うことで、元日の９時は１秒遅くやってくる。

なお、昔の人は世界標準時はグリニッジ標準時＝ＧＭＴだと思っていると思うが、
ＧＭＴは地球の運動を基準にしているため、一定ではない。
（地球の自転が少しずつ遅くなっているし、地殻変動の影響で早くなったりもする）

ＵＴＣは原子時計を元に決められているので、一定でありＧＭＴと少しずれる。
そこで時々閏秒を入れて、このずれを調整している、と言うわけです。