藤生駅は出入口が1ヶ所で出入口自体は24時間施錠されません。乗車券類の販売は営業時間の限定されている有人の乗車券類販売窓口（POS端末による発券）と、近距離区間用の自動券売機の2台で販売されています。有人の乗車券類販売窓口の営業時間は平日のみ：7:20 - 9:00、9:15 - 11:50、13:20 - 16:05、16:20 - 19:00 自動券売機で使用できる紙幣は、千円札のみ。有人窓口が営業していない時間帯は両替もできないのですが、オレンジカードは使用可能です。改札口は1ヶ所で有人窓口に隣接しています。ホームへの移動手段は柳井・徳山方面ののりば(ホーム)へは、改札口より平面移動。岩国・広島方面ののりば(ホーム)へは、改札口から右折し、跨線橋を使って渡ることになります。自由通路は駅舎正面側と駅裏側の道路を結ぶ跨線橋（歩行者・自転車用）が、駅構内用とは別に設置してあります。写真はその跨線橋から撮影しました。付属施設は商店（自動販売機を含む）改札口の外側：駅舎内、待合所部分に清涼飲料水の自動販売機があります。トイレあり。全体の構造ですが 相対式ホーム2面2線の地上駅。ホームは跨線橋によって連絡しています。上下線の間にはホームのない中線があるが架線が無いため、保線車両用に使われています。徳山地域鉄道部が管理し、ジェイアール西日本広島メンテックが駅業務を受託する業務委託駅で、土休日は前記のように無人となります。
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岩国～由宇間では、朝に、
１９２３Ｍ～５３８Ｍの折り返し列車が運転されています。
これは、この藤生駅の近くにある高校への通学客（主に岩国から乗る方）のために設定されているのでしょうか。
夕方以降には、岩国からの由宇折り返し列車がないだけに、結構貴重な列車だと思います。