彦根の長久寺は、1041年（長久2年）後三条天皇の皇后の祈願所として創建されました。
創建時より寺勢は大いに振るい、比叡山延暦寺を凌ぐほどの勢力でしたが、1510年（永平7年）に、六角・京極両氏の兵火により大打撃を受け、さらに1571年（元亀2年）、信長の比叡山焼き討ちの際、堂塔伽藍を焼き尽くされてしまいました。
その後、彦根藩主となった井伊氏は後水尾天皇の勅を奉じて、普門山常心院の山号院号を賜り、徳川将軍家の助力も受けながら、長久寺の再建に努めました。
本堂は井伊家家老の庵原主税助朝真の寄進により再建されました。
寺宝として「番町皿屋敷」のお菊が所有していたと伝わる６枚の皿と、お菊慰霊供養寄進帳を所蔵しています。 お皿の常設展示はされていません。事前に電話予約が必要だそうです。 
境内には、源頼朝手植えと伝わる梅があります。
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