複数の銀行などから、「Windows8.1へのアップデートを行わないでください。Windows8.1へのアップデートと同時にブラウザも自動的にIE11となります」と言う注意が出ているようです。個人認証に問題が発生し、ネットバンキングなどできなくなるようですね。
またあるサイトでは、「ブラウザのみIE11にしたのであれば、アンインストールすればIE10に戻ります(コントロールパネル内の「プログラムと機能」で)でもOSを8.1にアップデートした場合は元の8に戻すしかありません。要するに初期化です」との記載がありました。
自分で初期化するか、マイクロソフトや各サイトが対応するまで待つか?ですが、切羽詰まってなければ、もちろん後者を選択でしょうね。