たとえば、Moodle入門などをみても、はっきり書いていないので、なにがなんだかよくわかんない。
設定できること=そういう機能があるとかんがえると、
編集モードでサイト管理でできることは

・ユーザ
・コース
・評定
・ロケーション
・言語設定
・プラグイン
・セキュリティ
・アピアランス
・フロントページ
・サーバ
・ネットワーキング
・レポート
・その他
であり、そのうちの
・ユーザー管理としては、認証、アカウント管理、パーミッションの設定ができて、
・コースは、コースの追加/編集(この中で削除もできる)ができるほか、
コースごとに、リソースと活動が追加できる。
コースごとのリソースとしては、

なことができ(図のプルダウンメニュー参照)
コースごとの活動としては、

なことができる(図のプルダウンメニュー参照)
また、評価の表示(評定-コースのほうの管理にある)としては、
評定者用、概要、ユーザー用がある。

ってことを知らないと、本を読んで何が書いてあるんだか・・・になってしまうと思う。