中国にも、まっとうな記者がいるらしい－日本よりもちゃんとしてる？

フェニックステレビの李記者の孤軍奮闘っぷりがグッとくる件について。

ということで、紹介されている。
フェニックステレビって？

ま、それはそうと、その活躍ぶりがすごい。
日本のマスコミよりも、ちゃんとしていると思う。
日本なら、ここまでちゃんとやったら、
視聴率とか、読者数、上がるのにね・・・


【安倍首相インタビュー】煽り記事に釣られて激怒した中国メディアとネット民、冷静に事実を伝えた中国人記者がすごい
http://kinbricksnow.com/archives/51844548.html

（太字は、上記サイトより引用）

フリーソフトによるゲノム科学におけるビッグデータ解析の実際

ＯＳＣ２０１３　Tokyo/Springの２月２３日の講演

フリーソフトによるゲノム科学におけるビッグデータ解析の実際

を聞いてきたのでメモメモするけど・・・

う～ん、わかってない（＾＾；）

ネット上にすでに要点だけアップしているそうで


OPSN Pressメールマガジン
「オープンソース」を使ってみよう (第27回 フリーソフトウェアを用いたゲノム科学におけるビッグデータ処理)
http://www.ospn.jp/press/20130124no32-1-useit-oss.html


にあるので、そっちのほうを見てもらったほうがいいかも。

一応メモメモ。

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ゲノム科学
・次世代シーケンサー、マイクロアレイ、質量分析装置などの普及により
　データ産出量が爆発的に増えてる

・情報解析を行うことが必要な機会が増えてきた
　　数億データをテキスト処理とか
　　１人分のゲノムを１週間でよむ→最新鋭だと１日
　　→患者さんごとに
　　→網羅的な解析も

・ゲノム科学でデータ解析に用いるソフトウェア
ＯＳ　Ｌｉｎｕｘ
プログラム　Ｐｅｒｌ，Ｐｙｔｈｏｎなど
ＤＢ　ＭｙＳＱＬ，ＰｏｓｔｇｒｅＳＱＬ
ゲノム配列のアセンブリ　velvet ABySS,SOAPdenovo WGS Assembler,NIRA3,Phrap
ゲノム配列のマッピング
ＲＮＡ－Ｓｅｑ解析ソフト
相同性解析
マルチプルあらいんめんと

１．ゲノム科学で用いられるフリーソフト
　Ｌｉｎｕｘ・Ｕｎｉｘ

（１）汎用のフリーソフト
　イルミナ社のデータ１ファイルあたり数千万～数億
　　→配列データ、クオリティデータ
　　　４行単位
　　　　１行目配列名
　　　　２行目塩基配列
　　　　４行目クオリティデータ

　それを、以下のもので処理
　　・cat,greo
　　・Perlなど
　　・Ｒ、Ｏｃｔａｖｅ
　　・ＭｙＳＱＬ、ＰｏｓｔｇｒｅＳＱＬ

（２）生物学的なデータ解析専用ソフト
・データのアセンブリvelvet,Oaser,Trinityなど
・マッピング　ＢＷＡ,Bowtie
・配列データと相同性検索　ＢＬＡＳＴ
・ライブラリがある BioPerl,
・ＲのBioconductor：生物解析用パッケージ

ＲＮＡ－Ｓeq処理
１．ＦＡＳＴＱＣによるクオリティチェック
　　→クオリティわるかったら、スクリプトを使って切る
２．Viewerで閲覧：断片を、参照となるものと重ね、カウント→統計データ
　　・ＩＧＶによる閲覧
３．カウントデータの採取
　　ＲのBioconductorでカウント、ＲＰＫＭを算出
４．データマイニング
　　　統計、クラスタ、ＰＣＡ、マイクロアレイの手法に持ち込む
　　パスウェイ解析
　　　ＧＯ，ＫＥＧＧ，ＧＥＳＡとか・・
　　ＣｈＩＰ－Ｓｅｑ
　　　くっついているたんぱく質まで調べられる

６．アノテーション
　　ＢＬＡＳＴ検索
７．グラフ作成
８統計解析、データマイニング

Ｃｈｉｐ－Ｓｅｑ
１．～４省略（ＲＮＡと同じかんじ）
５．ピークコーディング
　　CisGenome,ERANGE,FindPeaks,F-Seq,GLITR
　　ＳＩＳＳＲｓなど
６～８もＲＮＡと同じ
　　Ｒのパッケージがある
　　多くはＲを使わなくてもSAMToolsなど、代用可能

　ＢａｙｅｓＰｅａｋによるピークコーディング
　ＣｈＩＰｐｅａｋＡｎｎｏによるピークのアノテーション
　その他・・・

・マイクロアレイは比率、今後はカウントデータ

・今後の課題
　　教科書
　　データベース
　　解析環境：Ｈａｄｏｏｐなど

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まちがってたら、ごめん（書いてることがわかんないので、自信ない）

サムスンがモバイル市場で巨大化、グーグルの脅威に

サムスンがTizenを搭載した機種をふやしていけば、まさに、グーグルの脅威ですよね。


サムスンがモバイル市場で巨大化、グーグルの脅威に
そろそろパートナー関係見直しの時期か？
http://news.finance.yahoo.co.jp/detail/20130227-00037241-jbpress-column

「OSS統合監視ソフトウェアZabbixの機能」を聞いてきた

ＯＳＣ２０１３　Tokyo/Springの２月２３日の講演

OSS統合監視ソフトウェアZabbixの機能
オフィシャルサービスのご紹介と
Zabbix 2.2の新機能

を聞いてきたので、メモメモ

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■OSS統合監視ソフトウェアZabbixとは
・ステータス情報の収集
　　　ネイティブエージェント、ＳＮＭＰ．ＩＰＭＩなど
・アラート送信
・データストレージ
・可視化

■選ばれる理由
　　・マルチプラットフォーム対応と様々な監視機能
　　・オープンソースソフトウェア
　　・エンタープライズ環境の実績

■動作環境
監視データの一元管理
　　ＳＮＭＰ
　　エージェント
　　ＰＩＮＧ

■豊富な監視機能
・Ｚａｂｂｉｘエージェント
　　ロードアベレージ
　　ＣＰＵ使用率
　　メモリ使用散る
　　　：
・死活
・ＳＮＭＰ
・ＩＰＭＩエージェント（ハード監視）
・ＪＭＸ
・Ｗｅｂ
・ＯＤＢＣによるＲＤＢ
・Ｔｅｌｎｅｔ／ＳＳＨエージェントレス
・スクリプト実行によるカスタム監視

■マルチプラットフォーム対応エージェント

■障害通知機能
・メール／ＳＭＳ／チャットプロトコル
　　→日本はメール中心
・カスタムスクリプトの実行
　　→パトランプ鳴らす
・エージェント上でのコマンド実行
・エスカレーション機能

■グラフィカル表示機能
　・ダッシュボード
　・リアルタイムグラフ
　・複数データ、複数グラフ
　・ネットワークマップ

■大規模システムの監視
・Ｚａｂｂｉｘプロキシによる柔軟な負荷分散、リモート監視機能
　　　ＮＡＴごしの監視

・監視対象の自動検出
　　オートディスカバリ機能による監視対象登録の自動化
　　　定期的な自動探索
　　　監視対象の自動登録
　　　テンプレートの自動適用

■Ｚａｂｂｉｘ　ＡＰＩによる収集データの活用
　・Ｚａｂｂｉｘ　ＡＰＩを利用したカスタムアプリケーションの開発
　　　Ｚａｂｂｉｘ←ＨＴＴＰ／ＪＳＯＮ　ＡＰＩ→Ｚａｂｂｉｘ
　　　　　ＰＨＰ、Ｐｙｔｈｏｎ、Ｊａｖａｓｃｒｉｐｔなどのライブラリ
　　　　　コマンドラインツール
　　　　　iPhone,Androidアプリ

---２．０で追加----

■ホストインベントリの自動設定
　　監視により受信した値を資産情報として保存
　　　・障害通知メールに資産情報

■デバイスの自動検知（ローレベルディスカバリ）
　　ディスク、ネットワーク、ネットワークポートの自動探索、自動監視

■Ｊａｖａアプリケーション監視
・ＪＭＸパラメータの監視
　　ＪａｖａＶＭ，Ｔｏｍｃａｔ，ＪBoss,Hadoopなどの管理
　　　セッション数
　　　実行クラス数、スレッド数
　　　ＪａｖａＶＭのメモリ使用量
　　　ＧＣ

■ＳＮＭＰトラっプ自動振り分け機能
・受信したトラップを自動的に監視項目に振り分け
　　・ＩＰアドレスと正規表現を利用した

■その他
　・ホストの複数インターフェース
　・マップの改善
　・パフォーマンスの改善

■まとめ
・サーバー、ネットワーク危機の稼動監視
・リソース使用状況のグラフ化、
・監視機能
・オートディスカバリ、エージェント自動追加
・デバイスごとの監視設定

---2.2ロードマップと新機能--

■リリースポリシー
・１２ヶ月リリースサイクル
　　２．０は２０１２年５月→２０１３年５月２．２

■仮想化リソースとハイパーバイザーの監視
　・ＶＭWear,vSphere対応

■開発中の仮想化監視機能
　・ＶＭWear,vSphere対応
　・ホストＯＳ／ハイパーバイザーのリソース監視
　・仮想環境特有のパラメータ監視機能
　・ゲストＯＳの追跡機能（どのホストで動作）
　・ホストＯＳとゲストＯＳを自動でグループ表示
　・vCenter経由で自動的にvSphereサーバーを検索、自動登録

■その他の２．２進機能
・Ｗｅｂ監視のテンプレート化
・複数のtimerプロセスをサポート
・データベーススキーマの自動アップグレード
・概要画面
・ＳＮＭＰ　ＡＥＳ／ＳＨＡ認証
・取得負荷アイテム、不明トリガーの障害通知
　　などなど・・・


■商用サービス
　　・商用サポート
　　・パートナーシッププログラム
　　・トレーニング
　　・コンサルティング
　　・ターンキーソリューション

■オフィシャルサポートサービス

■開発スポンサーシップ
・機能追加要望のスポンサーシップ
　　本体に取り込み

■オフィシャルトレーニング
・スペシャリストコース

■日本国内のパートナー
・非公開も入れると１４社

■商用製品との比較
　・費用が安く済む

■その他のＯＳＳの比較
　・監視、障害通知、グラフィックを１つ
　・ＡＰＩによるカスタマイズ
　・オフィシャルサポート