生物情報学（４）－タンパク質の３次元構造

放送大学の生物情報学実習で習ってきたことを、復習してみる生物情報学、前回までで、DNAシーケンサーの電気泳動して得られた結果から、DNAのシーケンスをきめ、遺伝子を調べて、その機能を推測した上で、そこで遺伝子の機能が発現して、タンパク質ができるかどうかを調べるまでの話をしました。

　で、次にこのたんぱく質なんですが、タンパク質は３次元構造が重要です・・・

　そして、その３次元構造は、X線解析とかをして調べるんだそうです。

　そうして調べた３次元構造は、以下のところに登録されています。
　
日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan)
http://www.pdbj.org/index_j.html

　で、３次元構造は、PDBjViewer(jV3)でも見えるようなのですが、授業では、Rasmolを使ったので、Rasmolをやります。

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Rasmolは、
Molecular Visualization Freeware
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/
のサイトが、ほんとうのページかもしれませんが、

以下のサイト
http://www2.ncc.u-tokai.ac.jp/okamoto/info/rasmol/index.html
がくわしいみたいです。そこのインストールをみてもらうと、
ダウンロードとインストールができます。

で、raswin.exeを起動して、
File→openから、タンパク質のpdbファイルを開くと、
タンパク質の構造が見れます。

で、同時にもう一個ウィンドウが開きます。
これが、コマンドを入力するウィンドウで、ここで、
select glu6b
とか、アミノ酸を指定し、
colour yellow
とか入力すると、その先に指定されたアミノ酸が黄色くなります。
立体構造は、いろんな形で表示できますが、詳しくは、
インストールのところで示した、上記サイトでみてくださいませ。

Firefox紹介キャンペーン

ここのスラッシュドットの記事
Firefox紹介キャンペーン
http://slashdot.jp/articles/08/02/17/0050259.shtml

によると（以下斜体は上記サイトより引用）


Mozilla JapanではFirefox紹介キャンペーンを実施中です。2月14日～3月31日の期間中、(1) Aコース：まだFirefoxを使ったことのない友達へ紹介する、(2) Bコース：Firefoxで正しく表示される自サイトに広告バナーを貼り付ける、の2コースいずれかに応募すると、抽選で100名にフォクすけぬいぐるみがプレゼントされます。なお同一アカウントによる2コース同時や複数口での応募も可。またAコースは10名紹介した時点で、もれなくぬいぐるみがもらえます。


うーん。。。ほかのソフトでもやってくれないかな？
初音ミクを
A：だれかに買わせる
B：だれかをみっくみくにする（どーするんだ　＾＾；）
したら、ねんどろいどプレゼントとか。。。

ま、そんなことはさておき、そのFirefox紹介キャンペーンサイトは、
ここ　http://foxkeh.jp/campaign/fx2/
らしい