禁教令が解かれたあと、五島キリシタン復興の任を帯びて、
フランス人宣教師フレノー、マルマン両神父が五島を訪れ布教にあたり、
1879年にマルマン神父によって、
五島における最初の天主堂(木造)が建てられたのが堂崎天主堂である。
その後着任した、ペルー神父によって1908年に、
現在のレンガ造りの教会堂が完成しました。
建築の際には資材の一部がイタリアから運ばれ、
内部は木造で色ガラス窓、コーモリ天井などの教会堂建築となっている。
現在は、弾圧の歴史や資料を展示する資料館として一般公開されており、
1974年に、県の有形文化財(建造物)の指定を受けた。