改正私立学校法（令和元年法律第１１号）が令和２年４月１日から施行されており，学校法人における理事との利益相反取引について，取扱いが変更されている。
ｃｆ． 新旧対照表
https://sikeiken.or.jp/shigakuhou.pdf
Ｑ＆Ａ
http://sikeiken.or.jp/sigakuhouQ%EF%BC%86A.pdf
文部科学省改正私立学校法説明会資料
https://www.mext.go.jp/a_menu/koutou/shinkou/07021403/1422186.htm
改正前
（利益相反行為）
第40条の5 学校法人と理事との利益が相反する事項については、理事は、代理権を有しない。この場合において、所轄庁は、利害関係人の請求により又は職権で、特別代理人を選任しなければならない。
改正後
（一般社団・財団法人法の規定の準用）
第４０条の５ 一般社団・財団法人法第８０条の規定は民事保全法（平成元年法律第９１号）第５６条に規定する仮処分命令により選任された理事又は理事長の職務を代行する者について、一般社団・財団法人法第８２条、第８４条、第８５条及び第９２条第２項の規定は理事について、一般社団・財団法人法第１０３条及び第１０６条の規定は監事について、それぞれ準用する。この場合において、一般社団・財団法人法第８２条中「代表理事」とあるのは「理事長」と、一般社団・財団法人法第８４条第１項中「社員総会」とあるのは「理事会」と、一般社団・財団法人法第８５条中「社員（監事設置一般社団法人にあっては、監事）」とあるのは「監事」と、一般社団・財団法人法第１０３条第１項中「定款」とあるのは「寄附行為」と読み替えるものとする。
一般社団法人及び一般財団法人に関する法律
（競業及び利益相反取引の制限）
第８４条 理事は、次に掲げる場合には、理事会において、当該取引につき重要な事実を開示し、その承認を受けなければならない。
（１）理事が自己又は第三者のために学校法人の事業の部類に属する取引をしようとするとき。
（２）理事が自己又は第三者のために学校法人と取引をしようとするとき。
（３）学校法人が理事の債務を保証することその他理事以外の者との間において学校法人と当該理事との利益が相反する取引をしようとするとき。
2 民法（明治２９年法律第８９号）第１０８条の規定は、前項の承認を受けた同項第２号の取引については、適用しない。
というわけで，学校法人と理事の利益相反取引については，理事会の承認が必要となる。
改正前の利益相反行為の規定（法第４０条の５）は，理事長や代表権を有する理事についてにのみ適用されていたが，改正後の利益相反取引の規定（法第４０条の５の規定による一般社団・財団法人法第８４条の規定の準用）は，理事全員について適用される。
この場合，例えば，不動産取引においては，下記の記事と同様の問題が生ずる。
ｃｆ． 平成２９年２月２日付け「医療法人における理事との利益相反取引と不動産登記」
ｃｆ． 新旧対照表
https://sikeiken.or.jp/shigakuhou.pdf
Ｑ＆Ａ
http://sikeiken.or.jp/sigakuhouQ%EF%BC%86A.pdf
文部科学省改正私立学校法説明会資料
https://www.mext.go.jp/a_menu/koutou/shinkou/07021403/1422186.htm
改正前
（利益相反行為）
第40条の5 学校法人と理事との利益が相反する事項については、理事は、代理権を有しない。この場合において、所轄庁は、利害関係人の請求により又は職権で、特別代理人を選任しなければならない。
改正後
（一般社団・財団法人法の規定の準用）
第４０条の５ 一般社団・財団法人法第８０条の規定は民事保全法（平成元年法律第９１号）第５６条に規定する仮処分命令により選任された理事又は理事長の職務を代行する者について、一般社団・財団法人法第８２条、第８４条、第８５条及び第９２条第２項の規定は理事について、一般社団・財団法人法第１０３条及び第１０６条の規定は監事について、それぞれ準用する。この場合において、一般社団・財団法人法第８２条中「代表理事」とあるのは「理事長」と、一般社団・財団法人法第８４条第１項中「社員総会」とあるのは「理事会」と、一般社団・財団法人法第８５条中「社員（監事設置一般社団法人にあっては、監事）」とあるのは「監事」と、一般社団・財団法人法第１０３条第１項中「定款」とあるのは「寄附行為」と読み替えるものとする。
一般社団法人及び一般財団法人に関する法律
（競業及び利益相反取引の制限）
第８４条 理事は、次に掲げる場合には、理事会において、当該取引につき重要な事実を開示し、その承認を受けなければならない。
（１）理事が自己又は第三者のために学校法人の事業の部類に属する取引をしようとするとき。
（２）理事が自己又は第三者のために学校法人と取引をしようとするとき。
（３）学校法人が理事の債務を保証することその他理事以外の者との間において学校法人と当該理事との利益が相反する取引をしようとするとき。
2 民法（明治２９年法律第８９号）第１０８条の規定は、前項の承認を受けた同項第２号の取引については、適用しない。
というわけで，学校法人と理事の利益相反取引については，理事会の承認が必要となる。
改正前の利益相反行為の規定（法第４０条の５）は，理事長や代表権を有する理事についてにのみ適用されていたが，改正後の利益相反取引の規定（法第４０条の５の規定による一般社団・財団法人法第８４条の規定の準用）は，理事全員について適用される。
この場合，例えば，不動産取引においては，下記の記事と同様の問題が生ずる。
ｃｆ． 平成２９年２月２日付け「医療法人における理事との利益相反取引と不動産登記」
