学校法人には，役員として，理事５人以上を置かなければならない（私立学校法第３５条第１項）。理事のうち１人は，寄附行為の定めるところにより，理事長となる（同条第２項）。そして，寄附行為に別段の定め（同法第３７条第２項）がなければ，理事長のみが学校法人を代表し，その業務を総理する（同条第１項）。登記される役員は，原則として，理事長のみである。
しかし，学校法人が解散したときは，破産手続開始の決定による解散の場合を除き，理事がその清算人となる（同法第５０条の４本文）。寄附行為に別段の定めがあるときは，この限りでない（同条ただし書）とされているが，逆に言えば，寄附行為に別段の定めがない限り，解散時の理事全員が清算人となる。清算人は，各自学校法人を代表するので，清算人全員の氏名及び住所が登記事項となる（組合等登記令第２条第４号）。
元々，「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律」が施行される前の私立学校法第５８条は，同整備法施行前民法第７４条を準用していたので，評議員会において他人を選任することができたはずである。
しかし，同整備法の施行により，私立学校法第５８条が削除され，同法第５０条の４が追加されたことから，寄附行為に別段の定めがない限り（通常は，ない。），評議員会において他人を選任することができず，解散時の理事全員が清算人となってしまう。
結果として，清算人の登記の申請に際して，清算人となる者に関しては，「その者が解散時の理事であったことを証する書面」（解散時の理事全員の氏名及び住所を列挙する。）を添付する必要があることになる。
ｃｆ． 「私立学校法の一部を改正する法律の施行に伴う法人登記事務の取扱いについて（通知）」（法務省民商第４９６号平成１７年３月３日法務省民事局商事課長通知）
ＮＰＯ法人においては，理事が各自ＮＰＯ法人を代表するが，清算人に関しては，整備法施行前特定非営利活動促進法第４０条は，整備法施行前私立学校法第５８条と同様に，同整備法施行前民法第７４条を準用していた。同整備法施行により第４０条は削除され，第３１条の５が追加されたが，同条ただし書は，「定款に別段の定めがあるとき，又は社員総会において理事以外の者を選任したときは，この限りでない」と規定しており，社員総会において理事以外の者を清算人に選任することができる。
社会福祉法人においては，社会福祉法第４６条の４ただし書は，「定款に別段の定めがあるときは，この限りでない」であるが，社会福祉法人の理事は，各自社会福祉法人を代表する（同法第３８条本文）のであり，同条ただし書が「定款をもつて，その代表権を制限することができる」と規定しているだけであるから，整合的である。
比較するに，改正にあたっての私立学校法第５０条の４ただし書の立案趣旨が不明である。
とまれ，現行私立学校法下における学校法人の解散に際しては，寄附行為の変更により，同法第５０条の４ただし書の「別段の定め」を設けることを検討すべきということになろうか。
しかし，学校法人が解散したときは，破産手続開始の決定による解散の場合を除き，理事がその清算人となる（同法第５０条の４本文）。寄附行為に別段の定めがあるときは，この限りでない（同条ただし書）とされているが，逆に言えば，寄附行為に別段の定めがない限り，解散時の理事全員が清算人となる。清算人は，各自学校法人を代表するので，清算人全員の氏名及び住所が登記事項となる（組合等登記令第２条第４号）。
元々，「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律」が施行される前の私立学校法第５８条は，同整備法施行前民法第７４条を準用していたので，評議員会において他人を選任することができたはずである。
しかし，同整備法の施行により，私立学校法第５８条が削除され，同法第５０条の４が追加されたことから，寄附行為に別段の定めがない限り（通常は，ない。），評議員会において他人を選任することができず，解散時の理事全員が清算人となってしまう。
結果として，清算人の登記の申請に際して，清算人となる者に関しては，「その者が解散時の理事であったことを証する書面」（解散時の理事全員の氏名及び住所を列挙する。）を添付する必要があることになる。
ｃｆ． 「私立学校法の一部を改正する法律の施行に伴う法人登記事務の取扱いについて（通知）」（法務省民商第４９６号平成１７年３月３日法務省民事局商事課長通知）
ＮＰＯ法人においては，理事が各自ＮＰＯ法人を代表するが，清算人に関しては，整備法施行前特定非営利活動促進法第４０条は，整備法施行前私立学校法第５８条と同様に，同整備法施行前民法第７４条を準用していた。同整備法施行により第４０条は削除され，第３１条の５が追加されたが，同条ただし書は，「定款に別段の定めがあるとき，又は社員総会において理事以外の者を選任したときは，この限りでない」と規定しており，社員総会において理事以外の者を清算人に選任することができる。
社会福祉法人においては，社会福祉法第４６条の４ただし書は，「定款に別段の定めがあるときは，この限りでない」であるが，社会福祉法人の理事は，各自社会福祉法人を代表する（同法第３８条本文）のであり，同条ただし書が「定款をもつて，その代表権を制限することができる」と規定しているだけであるから，整合的である。
比較するに，改正にあたっての私立学校法第５０条の４ただし書の立案趣旨が不明である。
とまれ，現行私立学校法下における学校法人の解散に際しては，寄附行為の変更により，同法第５０条の４ただし書の「別段の定め」を設けることを検討すべきということになろうか。
