素朴な疑問（提携でも縦割り）

寺田町駅からICOCAでJRに乗ろうとすると改札機で「出場記録なし」のエラーが出て通れない。駅員に確認すると「前回、地下鉄に乗ったときの出場記録がありません」。
そう言えば先週末、地下鉄天王寺駅で出ようとしたとき、改札機の反応が悪く、駅員にそのままゲートを開けて出してもらった。その時にICOCAに記録をされなかったのだ。
「どうしたらええんですか？」と尋ねると、「JRでは地下鉄の記録を変えたりできないので、どこか地下鉄の駅でやってもらって下さい。今回は切符を買って乗って下さい」とのこと。仕方なく切符を買って乗り、天王寺駅で出場記録を付けてこの分の精算（240円分ICOCAから引き落とし）をした。
ここで疑問。もし前回の出場記録付け忘れを遠い所の路線でやってしまってたらどうなるのだろう？ たまたま大阪市営地下鉄なので、すぐに対処できたのだが、東京メトロだったらそこまで行かないといけないの？ 交通系ICカードは今やJR・私鉄問わず全国で提携できているが、こういう場合は“縦割り”の対応になってしまうのね。悩ましい。