フレックスタイム制の適用対象者が深夜勤務を行った場合、深夜割増賃金を支払わなければならないのだろうか。
フレックスタイム制は、始業および終業の時刻を従業員の自主決定に委ねる仕組である。したがって、深夜に働いたとしても、「会社が命じたわけではないのだから、深夜割増賃金を支払う必要は無いのではないか」との疑問に思われるのも無理は無い。
しかし、本人が自主的に決めたとは言っても、深夜に労働したことは事実であるので、労働基準法第３７条第３項に基づき、２５％以上の賃金を支払わなければならないのだ。
ただし、この場合、“賃金単価１００％の部分”および“時間外労働の２５％割増賃金”については、清算期間（多くの会社で「１ヵ月」としている）の総労働時間により計算されることに注意しておきたい。すなわち、その深夜勤務においては“深夜分の２５％だけ”を支払えば足りるわけだ。
もし会社として深夜勤務をさせたくないなら、フレキシブルタイムを深夜に掛からない時間帯に設定する旨の労使協定を締結すれば良い。あるいは、安全や施設管理の面で問題が生じる場合には、「深夜の在社を許可制にする」等の措置を講じることは可能だ。
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