法定労働時間（基本的には週４０時間）を超える労働（以下、「時間外労働」と呼ぶ）を命じるには、「時間外労働・休日労働に関する労使協定」（労働基準法第３６条に基づくため「三六協定（サブロク協定）」と呼ばれる）を締結しておかなければならない。
そして、三六協定で定める時間外労働時間数は、平成３１年（令和元年）４月から（中小企業は令和２年４月から）、原則として「月４５時間（１年変形では月４２時間）、年３６０時間（１年変形では年３２０時間）」が限度とされた（労働基準法第３６条第４項、H30.9.7基発0907第１号）。 ただし、この上限規制は次の事業（または業務）には適用されない。
１．工作物の建設の事業（同法第１３９条）
２．自動車運転の業務（同法第１４０条）
３．医業に従事する医師（同法第１４１条）
４．鹿児島県及び沖縄県における砂糖製造業（同法第１４２条）
５．新技術・新商品等の研究開発業務（同法第３６条第１１項）
これらのうち１～４については、令和６年３月３１日までの猶予措置であり、猶予期間経過後は、新たな基準が設けられ、または上限規制がすべて適用されることになる一方、５については、来年４月１日以降も適用除外のままとされる。
しかし、だからと言って、研究開発業務は三六協定さえ締結しておけば無制限に残業させられる、と考えるべきではない。
研究開発業務に従事する者であっても時間外労働が月１００時間を超えたら医師の面談を受けさせなければならず（労働安全衛生法第６６条の８の２、労働安全衛生規則第５２条の７の２）、加えて、直近２～６カ月間の時間外労働が月あたり８０時間を超えた者の脳・心臓疾患の発症は業務との関連性が強いと認められることから、労災事故防止の観点から行政当局の指導対象となるのは他の業務と同様だ。
また、（これも他の業務と同様）月６０時間を超える時間外労働に対しては１５０％以上の割増賃金を支払わなければならない（同法第３７条第１項ただし書き；中小企業も今年４月から適用）ことは、間接的に時間外労働の抑制材料になるだろう。
なお、研究開発業務が専門業務型裁量労働制（労働基準法第３８条の３）の適用対象となっているケースにおいても、「みなし労働時間」に時間外労働時間数が含まれていることがあるので、裁量労働だからと言って必ずしも本件に無関係とは限らない。
いずれにせよ、長時間労働は、コストアップに直結し、生産効率の低下や労災事故の要因ともなりうる。
労使どちらの立場からも、長時間労働は極力避けるのが賢明と言えよう。
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