Audrey P.Gasch, Paul T.Spellman, Camilla M.Kao, Orna Carmel-Harel, Michael B.Eisen, Gisela Storz, David Botstein, and Patrick O.Brown
Genomic Expression Programs in the Respose of Yeast Cells to Environmental Changes
Molecular Biology of the Cell Vol.11, 4211-4257, December 2000
[PDFダウンロード][Webサイト]
・様々な環境変化（stress）を酵母（Yeast）に与え、発現パターンの変化（ESR:Environmental Stress Response）を見た。そこから遺伝子の環境変化へ対応する仕組みを推測する、
・解析に使った遺伝子数は約6200。うちESRを起こす遺伝子は約900。
・解析に使った環境
1. 37℃ heat shock
2. Variable temperature shocks
3. Hydrogen peroxide
4. Menadione
5. DTT
6. Diamide
7. Sorbitol osmic shock
8. Amino acid starvation
9. Nitrogen depletion
10. Diauxic shift
11. Stationary phase
12. Continuous carbon sources
13. Continuous temperatures
・クラスタリング(Hierarchical Clustering)は既存のソフトをそのまま利用。
http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm
・生化学分野の論文なので、内容を理解するのはキビシい。
・論文のウリは、多種の環境のデータをいっぺんに解析したところ。
・「Because the ESR unfolds in a stereotypical manner in response to diverse environmental stresses, it might be supposed that the response is governed by one all-purpose regulatory system.」
・「Thus, genes in the ESR can be regulated by different transcription factors depending on the specific environmental shock.」
・「Our results suggest that, in response to each environmental change, yeast cells simultaneously yet independently detect many distinct cellular signals and create a genomic expression program that integrates the individual responses to each of these signals.」
《チェック論文》
・Hughes JD, Estep PW, Tavazoie S, Church GM., Computational identification of cis-regulatory elements associated with groups of functionally related genes in Saccharomyces cerevisiae., J Mol Biol. 2000 Mar 10;296(5):1205-14
～～～～～～～
・白状します。一年以上もいじくってたデータの元論文を、今更ながらやっと読みました(大恥)。
・まだ読むのに10日かかってしまう。最低一日一本読めるくらいでないと話にならん。。。要さらにスピードアップ。
Genomic Expression Programs in the Respose of Yeast Cells to Environmental Changes
Molecular Biology of the Cell Vol.11, 4211-4257, December 2000
[PDFダウンロード][Webサイト]
・様々な環境変化（stress）を酵母（Yeast）に与え、発現パターンの変化（ESR:Environmental Stress Response）を見た。そこから遺伝子の環境変化へ対応する仕組みを推測する、
・解析に使った遺伝子数は約6200。うちESRを起こす遺伝子は約900。
・解析に使った環境
1. 37℃ heat shock
2. Variable temperature shocks
3. Hydrogen peroxide
4. Menadione
5. DTT
6. Diamide
7. Sorbitol osmic shock
8. Amino acid starvation
9. Nitrogen depletion
10. Diauxic shift
11. Stationary phase
12. Continuous carbon sources
13. Continuous temperatures
・クラスタリング(Hierarchical Clustering)は既存のソフトをそのまま利用。
http://rana.lbl.gov/EisenSoftware.htm
・生化学分野の論文なので、内容を理解するのはキビシい。
・論文のウリは、多種の環境のデータをいっぺんに解析したところ。
・「Because the ESR unfolds in a stereotypical manner in response to diverse environmental stresses, it might be supposed that the response is governed by one all-purpose regulatory system.」
・「Thus, genes in the ESR can be regulated by different transcription factors depending on the specific environmental shock.」
・「Our results suggest that, in response to each environmental change, yeast cells simultaneously yet independently detect many distinct cellular signals and create a genomic expression program that integrates the individual responses to each of these signals.」
《チェック論文》
・Hughes JD, Estep PW, Tavazoie S, Church GM., Computational identification of cis-regulatory elements associated with groups of functionally related genes in Saccharomyces cerevisiae., J Mol Biol. 2000 Mar 10;296(5):1205-14
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・白状します。一年以上もいじくってたデータの元論文を、今更ながらやっと読みました(大恥)。
・まだ読むのに10日かかってしまう。最低一日一本読めるくらいでないと話にならん。。。要さらにスピードアップ。
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