【論】Geman,2004,Classifying Gene Expression Profile～

Donald Geman, Christian d'Avignon, Daniel Q. Naiman, and Raimond L. Winslow
Classifying Gene Expression Profiles from Pairwise mRNA Comparisons
Statist. Appl. in Genetics and Molecular Biology, 3, 2004.
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・遺伝子サンプルのクラス分け法として、Top-scoring pair(s) (TSP) classifierを提案する。
・スコア算出の式　Δij = | pij(1)-pij(2)|
pij(1) = (Class1でXi＜Xj(または Xi＞Xj)となるサンプル個数)/(Class1サンプル個数)
pij(2) = (Class2でXi＜Xj(または Xi＞Xj)となるサンプル個数)/(Class2サンプル個数)
　X：発現量, i・j：遺伝子番号
※考え方→各サンプルで最も安定して発現量が同じ上下関係を保つ遺伝子のペア（2個）を抽出する。発現量差そのものには着目しない。
・データ
1.Breast [West]
2.Leukemia [Golub]
3.Prostate [Singh]
・判別の評価法 ： Cross validation
・サンプル数に大きく影響を受ける方法なので、サンプル数が少ない場合についても検証・考察する

・長所「In contrast, the TSP classifier provides decision rules which i) involve very few genes and only relative expression values (e.g., comparing the mRNA counts within a single pair of genes); ii) are both accurate and transparent; and iii) provide specific hypotheses for follow-up studies.」