Bjorn Grunenfelder and Elizabeth A. Winzeler
Treasures and traps in genome-wide data sets: case examples from yeast.
(全ゲノムデータセットの宝と罠:酵母の事例)
Nat Rev Genet. 2002 Sep;3(9):653-61.
[PDFダウンロード]
・目次より概要「ゲノムに隠された機能情報を抽出するために大規模解析が頻繁に行われているが、得られる情報量に比べると結果が不明瞭であることも多い。異なる方法により別の結論が得られるような場合にはなおさらである。著者らは出芽酵母の事例に着目しているが、ヒトゲノムなどのさらに複雑なデータセットにも似たような問題が生じる可能性も指摘されている。」
・論文の構成(各分野の紹介)
Comparing microarray data sets
Gene-expression studies.
Comparing expression and proteomic data.
Protein-DNA interaction studies.
Comparing DNA-replication studies.
Comparing protein-protein interaction data
Yeast two-hybrid assays.
Identifying protein complexes.
Genome-wide mutagenesis
・マイクロアレイの信頼度「Similar results are obtained for 99.8% of genes when a sample is hybridized to two identical arrays, and results are similar for 99% when independent samples are prepared.」この言葉は鵜呑みにしてもいいものかどうか。。。
・生化学の分野。タンパク質関連は、サッッパリわかりません。
Treasures and traps in genome-wide data sets: case examples from yeast.
(全ゲノムデータセットの宝と罠:酵母の事例)
Nat Rev Genet. 2002 Sep;3(9):653-61.
[PDFダウンロード]
・目次より概要「ゲノムに隠された機能情報を抽出するために大規模解析が頻繁に行われているが、得られる情報量に比べると結果が不明瞭であることも多い。異なる方法により別の結論が得られるような場合にはなおさらである。著者らは出芽酵母の事例に着目しているが、ヒトゲノムなどのさらに複雑なデータセットにも似たような問題が生じる可能性も指摘されている。」
・論文の構成(各分野の紹介)
Comparing microarray data sets
Gene-expression studies.
Comparing expression and proteomic data.
Protein-DNA interaction studies.
Comparing DNA-replication studies.
Comparing protein-protein interaction data
Yeast two-hybrid assays.
Identifying protein complexes.
Genome-wide mutagenesis
・マイクロアレイの信頼度「Similar results are obtained for 99.8% of genes when a sample is hybridized to two identical arrays, and results are similar for 99% when independent samples are prepared.」この言葉は鵜呑みにしてもいいものかどうか。。。
・生化学の分野。タンパク質関連は、サッッパリわかりません。