ＧＥＯ某店の会計にて
『９冊で９００円になります！』
あれ…なんか安くない…？
後で確認すると、やっぱり400円の値札が一冊混じってる。
( ￣ー￣) ま、いっか。
『９冊で９００円になります！』
あれ…なんか安くない…？
後で確認すると、やっぱり400円の値札が一冊混じってる。
( ￣ー￣) ま、いっか。
Rickard Sandberg, Rie Yasuda, Daniel G.Pankratz, Todd A.Carter, Jo A.Del Rio, Lisa Wodicka, Mark Mayford, David J.Lockhart, and Carrolee Barlow
Regional and strain-specific gene expression mapping in the adult mouse brain
Proc Natl Acad Sci USA. 2000 Sep 26;97(20):11038-43.
[PDFダウンロード]
・マウスの脳の各組織について、種族間、組織間で異なった発現をする遺伝子を抽出する。
・マウス種族（2種）：129SvEv, C57BL/6
・脳組織（6種）：cortex（大脳皮質）, hippocampus（海馬）, amygdala（小脳扁桃）, entorhinal cortex（嗅内皮質）, midbrain（中脳）, cerebellum（小脳）
・データ：24サンプル（＝組織6種×種族2種×各2匹）。13069プローブ。
・2種族間で少なくとも1つの脳組織で異なる発現をした遺伝子：73/7169個
・6つの全組織で異なる発現をした遺伝子：24/73個
・特に難しい数値処理はなく、異なる発現かどうかの閾値は1.8倍として判定。
・目的「To determine the genetic causes and molecular mechanisms responsible for neurobehavioral differences in mice,」
・結果「We found that approximately 1% of expressed genes are differentially expressed between strains in at least one region of the brain and that the gene expression response to seizure is significantly different between the two inbred strains.」
・抽出した遺伝子を、データベースのアノテーション情報と照らし合わせて論じている。遺伝子間のネットワーク等、複雑な話はまだまだ。
・問題があるとすれば、発現量の相違を相対値のみで判定しているところか。
Regional and strain-specific gene expression mapping in the adult mouse brain
Proc Natl Acad Sci USA. 2000 Sep 26;97(20):11038-43.
[PDFダウンロード]
・マウスの脳の各組織について、種族間、組織間で異なった発現をする遺伝子を抽出する。
・マウス種族（2種）：129SvEv, C57BL/6
・脳組織（6種）：cortex（大脳皮質）, hippocampus（海馬）, amygdala（小脳扁桃）, entorhinal cortex（嗅内皮質）, midbrain（中脳）, cerebellum（小脳）
・データ：24サンプル（＝組織6種×種族2種×各2匹）。13069プローブ。
・2種族間で少なくとも1つの脳組織で異なる発現をした遺伝子：73/7169個
・6つの全組織で異なる発現をした遺伝子：24/73個
・特に難しい数値処理はなく、異なる発現かどうかの閾値は1.8倍として判定。
・目的「To determine the genetic causes and molecular mechanisms responsible for neurobehavioral differences in mice,」
・結果「We found that approximately 1% of expressed genes are differentially expressed between strains in at least one region of the brain and that the gene expression response to seizure is significantly different between the two inbred strains.」
・抽出した遺伝子を、データベースのアノテーション情報と照らし合わせて論じている。遺伝子間のネットワーク等、複雑な話はまだまだ。
・問題があるとすれば、発現量の相違を相対値のみで判定しているところか。
Daniel H.Geschwind
Mice, microarrays, and the genetic diversity of the brain
Proc Natl Acad Sci USA. 2000 September 26;97(20):10676?10678.
[PDFダウンロード][Webサイト]
・文献[1]の紹介、というか解説（commentary）。詳しくは文献[1]を読んでくださいとのこと。もともと[1]を読むつもりだったはずなのに、どこかで間違って、この文献を読んでいた、ということに読み終わってから気がついた。
・アレイの信頼度「the authers (3) compared duplicate brain samples from the same region from the same strain and demonstrated thet fewer than 0.02% (2/13,000) of probe sets on the array were differentially expressed.」
・疑問点「Do genes that are enriched in one particular brain region reflect differences in cell number or the specific novel molecular phenotype of a particular cell type?」
[1] Sandberg R, et al, Regional and strain-specific gene expression mapping in the adult mouse brain.,Proc Natl Acad Sci USA. 2000 Sep 26;97(20):11038-43.
Mice, microarrays, and the genetic diversity of the brain
Proc Natl Acad Sci USA. 2000 September 26;97(20):10676?10678.
[PDFダウンロード][Webサイト]
・文献[1]の紹介、というか解説（commentary）。詳しくは文献[1]を読んでくださいとのこと。もともと[1]を読むつもりだったはずなのに、どこかで間違って、この文献を読んでいた、ということに読み終わってから気がついた。
・アレイの信頼度「the authers (3) compared duplicate brain samples from the same region from the same strain and demonstrated thet fewer than 0.02% (2/13,000) of probe sets on the array were differentially expressed.」
・疑問点「Do genes that are enriched in one particular brain region reflect differences in cell number or the specific novel molecular phenotype of a particular cell type?」
[1] Sandberg R, et al, Regional and strain-specific gene expression mapping in the adult mouse brain.,Proc Natl Acad Sci USA. 2000 Sep 26;97(20):11038-43.
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