＠酔 職場新年会終了

最近、酒量が一定量を超えると胸が締めつけられるような痛みに襲われます。なんなんだろ…

【論】Balasubramaniyan,2005,Clustering of gene expre～

Rajarajeswari Balasubramaniyan, Eyke H?llermeier, Nils Weskamp and J?rg K?mper
Clustering of gene expression data using a local shape-based similarity measure
Bioinformatics 2005 21(7):1069-1077
[PDF]

・時系列のマイクロアレイデータによる遺伝子のクラスタリング法を提案する。
・データ：Yeast, mitotic cell cycle time course experiment, 17 time points, 6331 ORFs [Cho,1998]
・クラスタリングに用いる指標
1.Spearman rank correlation（SRC、提案法）
2.Pearson correlation（従来法）
3.Euclidean distance（従来法）
・評価法：クラスタリング結果とMIPSデータベースの情報をひき比べて評価する（遺伝子機能推定）

・提案法「Here, we propose a new method (CLARITY; Clustering with Local shApe-based similaRITY) for the analysis of microarray time course experiments that uses a local shape-based similarity measure based on Spearman rank correlation. This measure does not require a normalization of the expression data and is comparably robust towards noise.」
・注意「Let us finally note that not all clusters show a significant enrichment for any of the fuctional categories. It can be assumed that the genes in these clusters participate in several of the processes defined by the fuctional categories.」

・従来法よりも狭い窓を使ってデータを見ていくので、よりノイズに強い、ということらしい。