【論】Michaud,2003,eXPatGen: generating dynamic exp～

Dennis J. Michaud, Adam G. Marsh and Prasad S. Dhurjati
eXPatGen: generating dynamic expression patterns for the systematic evaluation of analytical methods
Bioinformatics Vol.19 no.9 2003 Pages 1140-1146
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・マイクロアレイデータの解析ツール "eXPatGen" の紹介。与えられたデータより、遺伝子間のネットワーク構造を生成する。Webブラウザを通して実行可能。
・データ：人工的に時系列のデータを生成
1.Example #1：5グループ、各5遺伝子
2.Example #2：10グループ、各10遺伝子
・比較法：Clustering、PCA

・eXPatGenとは「We have developed an on-line simulator, called eXPatGen, to generate dynamic gene expression patterns typical of microarray experiments. eXPatGen provides a quantitative network structure to represent key biological features, including the induction, repression, and cascade regulation of messenger RNA (mRNA).」
・意義「The large number of methods of analysis and the lack of a standard data set with known network connenctions provided a strong motivation for the development of eXPatGen.」